Sont présentées ici les données épidémiologiques, cliniques et expérimentales indiquant qu'une forme d'encéphalomyélite myalgique/syndrome de fatigue chronique - affection neurologique hétérogène, invalidante et mal comprise (CIM93-3) - constitue un type majeur d'effet indésirable des vaccins, notamment ceux contenant des adjuvants aluminiques. Les arguments ont émergé lentement en raison de la multiplicité, du manque de spécificité, de l'apparition tardive et de la sous-estimation fréquente des symptômes. L'association a été confirmée par une étude épidémiologique comparant des militaires vaccinés et non vaccinés. Les patients souffrent d'arthromyalgies, de fatigue chronique et d'un dysfonctionnement cognitif associé à une hypoperfusion (tomographie d'émission monophotonique [SPECT]) et un hypométabolisme du glucose (tomographie par émission de positons couplée au scanner [TEP-scan] au fluorodésoxyglucose [FDG]) stéréotypés du cerveau. La biopsie du deltoïde montre typiquement une myofasciite à macrophages, biomarqueur spécifique de la persistance anormale d'agglomérats intracytoplasmiques d'hydroxyde d'aluminium dans les macrophages aux sites d'injections. La lésion témoigne d'une altération de la détoxification cellulaire des particules par un mécanisme de xéno-/autophagie contrôlé génétiquement. Comparer la toxicologie de différentes formes d'aluminium et de différents types d'exposition est trompeur et inadéquat. En effet, les expériences chez la souris ont bouleversé plusieurs anciens dogmes. Loin d'être solubilisées dans l'espace extracellulaire et d'agir localement comme on l'a affirmé, les particules d'hydroxyde d'aluminium sont insolubles et rapidement capturées par les cellules immunitaires, puis en partie transportées vers des organes distants et le cerveau où elles peuvent provoquer une réponse immuno-inflammatoire et une neurotoxicité chroniques. La neurotoxicité sélective des faibles concentrations d'hydroxyde d'aluminium n'obéit pas au principe « la dose fait le poison » pour les adjuvants. Les observations cliniques et les expériences chez le mouton, un grand animal comme l'humain, ont confirmé sa diffusion systémique et ses possibles effets neurotoxiques. L'encéphalomyélite myalgique/syndrome de fatigue chronique, de survenue post-vaccinale ou liée à d'autres adjuvants particulaires (microbes intracellulaires, silicone), représente la manifestation centrale du « syndrome auto-immunitaire/inflammatoire induit par les adjuvants ».