Les gastro-entérites sont le plus souvent d’origine virale, rotavirus et norovirus étant les virus les plus fréquemment en cause chez les jeunes enfants. Les PCR multiplex effectuées à partir des selles permettent de détecter des bactéries, des virus ou des parasites responsables ou non de la gastro-entérite. Si le profil étiologique de ces infections digestives a grandement bénéficié de la PCR, la présence de pathogènes potentiels ne justifie pas de traitement anti-infectieux en dehors de pathologies sous-jacentes. En effet, parmi les causes bactériennes, très peu nécessitent un traitement antibiotique en dehors des shigelloses, des formes graves de salmonellose et une partie des infections à Campylobacter sp. L’évolution de la résistance aux antibiotiques des salmonelles, shigelles et campylobacter est préoccupante dans le monde, limitant les options thérapeutiques. Les antibiotiques proposés dans ce guide sont en accord avec les recommandations communes de l’European Society of Pediatric Infectious Diseases et l’European Society of Pediatric Gastroenterology and Nutrition. L’azithromycine est préférentiellement utilisée pour traiter les infections à Shigella sp. ou à Campylobacter sp. La ceftriaxone et la ciprofloxacine sont recommandées pour traiter les salmonelloses nécessitant une antibiothérapie. Les traitements empiriques, sans identification bactérienne, ne sont pas indiqués en dehors d’un sepsis sévère ou chez des sujets à risque (drépanocytose par exemple). La prescription de métronidazole pour une amibiase intestinale aiguë ne doit être faite qu’après confirmation microbiologique.

Gastroenteritis is usually due to viruses mainly Rotavirus and Norovirus. Among the bacterial causes, very few warrant systemic antibiotic treatment including Shigella, Vibrio cholerae, Campylobacter (only if diagnosed early) and severe cases of Salmonella infections. The antimicrobial treatments proposed in this guide are consistent with the latest recommendations of the European Society of Pediatric Infectious Diseases and the European Society of Pediatric Gastroenterology and Nutrition. Azithromycin is the preferred antibiotic for infections due to Shigella and Campylobacter. Ceftriaxone and ciprofloxacin are recommended for Salmonella infections that must be treated. Empirical treatment without bacteriological documentation should be avoided. The prescription of metronidazole for acute intestinal amebiasis should only be made after microbiological confirmation.