Le dermatofibrosarcome de Darier-Ferrand (DFS) est une prolifération fibrohistiocytaire hypodermique, CD34 et vimentine+, facteur XIIIa, protéine S-100, actine muscle lisse et desmine−. Cette tumeur rare mais non exceptionnelle, à agressivité locale essentiellement (< 5 % de dissémination métastatique), est liée à une anomalie chromosomique somatique intratumorale aboutissant à un transcrit de fusion entre PDGFβ et COL1A1, qui participe à la croissance tumorale en activant continuellement le récepteur du PDGFβ. Les sarcoïdes cutanées du cheval (SCC) sont des lésions de morphologie et d’histopathologie analogues au DFS, sans anomalie chromosomique rapportée, mais l’imputabilité de l’oncoprotéine E5 du papillomavirus bovin (BPV 1 et 2) activant également le récepteur de PDGFβ a été établie. Par analogie, il paraissait intéressant de rechercher la présence d’un tel virus dans les DFS.

Les échantillons congelés issus de 4 patients atteints de DFS étaient analysés par séquençage haut-débit.

L’ADN de BPV2 était bien retrouvé dans l’échantillon contrôle de SCC viropositif (BPV2) mais pas dans les échantillons de DFS.

Même infructueuse dans le cas des DFS et des SCC, cette approche de médecine comparative humaine/animale reste intéressante à l’ère des nouvelles techniques d’identification de pathogènes par séquençage haut-débit. En effet, la métagénomique microbienne désigne l’ensemble des analyses de tous les acides nucléiques des microorganismes présents dans un échantillon donné, en s’affranchissant de l’étape limitante de la culture. Elle suppose une amplification préalable de tous les génomes présents, grâce à un amorçage non spécifique et à l’action d’une polymérase à ADN issue d’un phage (virus infectant uniquement les bactéries), capable d’un très haut rendement d’amplification de l’ADN. Une « librairie » d’ADN est enfin constituée par dénaturation de l’ADN amplifié et fixation d’adaptateurs, avant séquençage par polymérisation. Les résultats sont obtenus sous formes de dizaine de millions de séquences appelées « reads » dont les extrémités peuvent être chevauchantes et qui permettent de reconstituer les génomes entiers de pathogènes. L’analyse bio-informatique est une étape cruciale afin d’identifier les séquences obtenues et de les assigner à un microorganisme précis, par comparaison aux banques de données internationales telles que GenBank.

Le DFS n’est donc pas dû à un papillomavirus d’après les résultats d’une technique puissante de détection de pathogènes sans a priori, mais cette approche en médecine humaine et vétérinaire comparative peut apporter un éclairage nouveau sur la physiopathologie et la thérapeutique en médecine humaine.