L'auto-immunité est physiologique : il existe chez tout individu normal des cellules T auto-réactives et des cellules B productrices d'auto-anticorps naturels. L'auto-immunité devient pathologique, donnant lieu à une maladie auto-immune, lorsque le nombre des cellules auto-réactives et surtout l'avidité de leurs récepteurs pour les auto-antigènes augmentent. Le déclenchement de la maladie dépend aussi bien de l'augmentation de l'immunogénicité de la cellule cible, éventuellement secondaire à une infection virale, que de la capacité propre du sujet de reconnaître les auto-antigènes (gènes HLA, répertoireT). Plus rarement, la maladie est déclenchée par un agent infectieux donnant lieu à une réaction croisée avec un auto-antigène (syndrome de Guillain Barré). Tous ces éléments ne sont pas suffisants, cependant, pour provoquer une maladie chronique telle que la sclérose en plaques ou la myasthénie. Le passage à la chronicité est habituellement secondaire à un défaut d'immuno-régulation. Plusieurs catégories de cellules T régulatrices ont été reconnues : cellules Th2, CD25+, Tr1, NKT. Il est encore difficile d'affirmer la responsabilité de la défaillance d'une de ces populations dans une maladie donnée, ou de préciser les cytokines impliquées, même si on tend à donner un rôle essentiel à l'interleukine 10 et au TGFß. Même si la réaction auto-immune pathogène est déclenchée par les auto-antigènes de la cellule cible, il n'y a apparemment pas un auto-antigène cible unique. La spécificité de la réaction s'étend progressivement d'un antigène, qui peut varier selon les sujets, à toute la cellule cible. C'est à partir de ces notions que se développent les nouvelles approches immuno-thérapeutiques des maladies auto-immunes (auto-antigènes solubles, ou un de leurs peptides modifié : (APL), cytokine, anticorps anti-CD3…).

Autoimmunity is physiological: in every normal individual autoreactive T cells and B cells which produce natural autoantibodies, exist. Auto-immunity becomes pathological, giving rise to an autoimmune disease, when the number of autoreactive cells, and particularly the avidity of their receptors for autoantigens increase. Triggering of the disease depends both on the increase in immunogenicity of the target cell, which may be secondary to a viral infection, and the individual's own capability to recognize the antoantigens (HLA genes, T cell repertoire). More rarely, the disease is caused by an infectious agent leading to a crossed reaction with an autoantigen (Guillain-Barré syndrome). Nevertheless, all these elements are not sufficient to provoke a chronic disease such as multiple sclerosis or myasthenia gravis. The passage to chronicity is usually secondary to a defect in immunoregulation. Several categories of regulatory T cells have been found: Th2 cells, CD25+ cells, Trl cells, NKT cells… It is still difficult to asses the responsibility of the defect of one of these populations in a given disease, or to single out the cytokines implicated, although an essential role is often given to interleukin 10 and/or TGFß. Even if the pathogenic autoimmune reaction is triggered by the autoantigens of the target cell, there is apparently not a unique autoantigen target. The specificity of the reaction spreads progressively from one antigen, which may vary among subjects, to the entire target cell. It is based on these notions that new immunotherapeutic approaches for autoimmune diseases are being developed (soluble autoantigens, or one of their modified peptides: (APL), cytokine, anti-CD3 antibody).