Les échecs et les impossibilités de l'endodontie ont favorisé le développement de la chirurgie dite endodontique, dont la vocation est aussi d'assurer l'étanchéité de l'endodonte par voie rétrograde. Cette technique a connu de nombreux échecs, décourageant les praticiens qui la jugeaient trop délabrante et aléatoire. Il a fallu quelques décennies pour améliorer cette technique par l'apport d'instruments d'optique permettant de mieux diagnostiquer les lésions apicales et leurs causes, puis de trouver un type de cavité facile à réaliser et non délabrante sur le plan dentaire et osseux. Les ultrasons ont apporté cette possibilité, ainsi que la miniaturisation des instruments. Enfin, les matériaux d'obturation les plus divers ont été proposés, parmi lesquels sont encore utilisés l'amalgame, les eugénates modifiés, l'imagerie par résonance magnétique (IRM). Ces matériaux ont tous entraîné des guérisons, mais les résultats n'étaient pas toujours reproductibles et les effets limités dans le temps. Le mineral trioxide aggregate (MTA), malgré quelques imperfections concernant sa manipulation, semble avoir des propriétés biologiques qui en font le produit de référence actuellement. Ce matériau a déjà subi des modifications depuis son apparition. Il devrait pouvoir être amélioré. La chirurgie endodontique est maintenant bien codifiée, son taux de succès se rapprochant de celui de l'endodontie. C'est une discipline à part entière qui n'est plus la technique de la dernière chance, mais une option thérapeutique à la portée de l'omnipraticien.