La famille des papillomavirus humains (HPV) regroupe plus de 200 types dont certains sont à haut risque oncogène (HPVhr). Le cycle de réplication virale est conditionné par la différenciation de l’épithélium infecté. Les HPV sont classés en types, sous-types, lignées et sous-lignées selon le degré d’homologie des séquences nucléotidiques. Cette diversité génétique des HPV se reflète dans l’épidémiologie des infections à HPV avec une distribution géographique spécifique des différents variants d’un type d’HPV. La diversité génétique des HPV peut avoir un impact sur la physiopathologie de l’infection à HPV. Tout d’abord, la co-infection par plusieurs types d’HPVhr est un facteur de risque de progression vers le cancer. D’autre part, certains types, sous-types et polymorphismes sont associés à un risque accru d’évolution vers le cancer. Les nouvelles technologies de séquençage haut débit ont permis de mettre en évidence une diversité génétique également au niveau intrapatient. En effet, des travaux ont montré la présence de variants viraux minoritaires et de rares mutations GA induites par la protéine cellulaire APOBEC. Ainsi, la diversité génétique des HPV peut avoir un impact sur la physiopathologie de l’infection. Plus récemment, avec le séquençage haut débit, il a été décrit de la variabilité génétique intrapatient, en faible proportion, dont le rôle dans la physiopathologie de l’infection HPV reste à déterminer.

More than 200 types compose the Human papillomavirus (HPV) family, some of them are high-risk oncogenic viruses and others are low-risk oncogenic viruses. The viral replication cycle is coordinated with cell differentiation. HPV are classified in types, sub-types, lineages and sub-lineages based on nucleotidic sequences. HPV epidemiology showed that HPV types, sub-types and lineages had a specific geographic distribution. Importantly, genetic diversity takes part in HPV infection physiopathology. First, co-infection with multiple HPVhr types increased the risk of cancer progression. Furthermore, some types, some lineages and some polymorphisms are associated with an increased risk of developing cancer. Recently, ultradeep sequencing technologies allowed to evidence genetic intrapatient diversity. Indeed, some studies showed the presence of minority viral variants and some rare GA mutations generated by APOBEC cellular proteins. Thus, HPV genetic diversity can have an impact on the pathophysiology of infection. More recently, with ultradeep sequencing technologies, intrapatient genetic variability has been described, in a minority proportion, the role of which in the pathophysiology of HPV infection remains to be assessed.