Patients with sickle cell disease (SCD) are submitted to multiple transfusions in order to increase the oxygen capacity of the blood, decrease blood viscosity, and suppress the sickling of the cells. Multiply transfused patients with SCD represent significant risk of acquiring parenterally transmitted infections. The analysis of the virome profile of high-risk multiply transfused patients with SCD can reveal the presence of parenterally transmitted viruses and therefore be used an indirect approach for evaluation of blood transfusion safety.

Blood samples were collected from 45 patients with SCD receiving multiple transfusions and analyzed by metagenomic analyses. The samples were assembled in pools f which were submitted to nucleic acids extraction and sequencing by Illumina NextSeq 550 equipment. For bioinformatic analysis, we used a specific in-house developed pipeline specialized in identification of emerging viruses.

The virome composition of SCD patients revealed the presence of commensal viruses represented by anelloviruses and Human Pegivirus-1 (HPgV-1, GB virus C). Contaminant viral sequences belonging to human lentiviruses (rev, env genes), cytomegalovirus and murine leukemia virus were also identified and are attributed to vectors used in the laboratory practice. No novel or unsuspected pathogenic viruses were identified.

This study evaluates for the first time the virome of multiply transfused patients with SCD. Exclusively genetic material of commensal viruses was annotated. Therefore, we believe that viral metagenomics applied in patients with high risk for acquiring parenterally transmitted infections can serve as a direct indicator for evaluation of transfusion safety.

Patients avec drépanocytose sont soumis à plusieurs transfusions pour augmenter la capacité d’oxygène du sang, diminuer la viscosité sanguine et supprimer la falciformation des cellules. Patients avec drépanocytose transfusés plusieurs fois sont exposés au risque significatif d’acquérir des infections transmises par voie parentérale. Les analyses de la diversité virale des patients avec drépanocytose transfusés plusieurs fois peut être une approche pour l’évaluation de la sécurité de la transfusion sanguine et la présence des agents viraux qui peuvent menacer la transfusion.

On a recueilli des échantillons de sang de 45 patients avec drépanocytose soumis à plusieurs transfusions. Des échantillons ont été confinés par pools qui ont été extraits et séquencés par l’équipement Illumina NextSeq 550. Pour des analyses bio-informatiques, on a utilisé un pipeline spécifique développé chez nous avec l’objectif de découvrir des virus émergents.

La composition du virome de patients avec drépanocytose a revélé la présence de plusieurs virus commensaux représentés par les anellovirus et le Pegivirus-1 Humain (HPgV-1, GB virus C). Des séquences contaminantes, i.e. lentivirus humains (rev, env genes), cytomegalovirus et gene pol du virus de la leucémie murine ont été aussi identifiés. Aucun virus émergent ou agent viral qui peut menacer la sécurité transfusionnelle a été caractérisé.

Cette étude évalue pour la première fois la diversité virale des patients avec drépanocytose transfusés plusieurs fois. Seulement le matériel génétique des virus commensaux transmis par voie parentérale a été annoté. Donc, on croit que la métagénomique virale appliquée chez les patients à haut risque d’acquérir des infections transmises par voie parentérale peut identifier des virus qui peuvent menacer la sécurité transfusionnelle et servir comme un indicateur direct pour l’évaluation de la sécurité transfusionnelle.