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Covalent inhibitors of EZH2: Design, synthesis and evaluation - 13/02/22

Doi : 10.1016/j.biopha.2022.112617 
Qiangsheng Zhang a, Xinyi Chen a, Xi Hu a, Xianjie Duan a, Guoquan Wan a, Lu Li b, Qiang Feng c, Yiqian Zhang a, Ningyu Wang d, , Luoting Yu a,
a State Key Laboratory of Biotherapy and Cancer Center, West China Hospital, and Collaborative Innovation Center of Biotherapy, Sichuan University, 17#3rd Section, Ren Min South Road, Chengdu 610041, PR China 
b Clinical Trial Center, National Medical Products Administration Key Laboratory for Clinical Research and Evaluation of Innovative Drugs, West China Hospital, Sichuan University, Chengdu, Sichuan 610041, PR China 
c College of Chemistry and Life Science, Chengdu Normal University, Chengdu 611130, PR China 
d School of Life Science and Engineering, Southwest JiaoTong University, Chengdu, Sichuan 611756, PR China 

Corresponding authors.

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Abstract

The histone lysine methyltransferase EZH2 has been implicated as a key component in cancer development. Up to date, there are only a few EZH2 covalent inhibitors. In this study, a new series of 3-acrylamido-2-methyl-N-((2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl) methyl) benzamide derivatives were designed, synthesized, and demonstrated to act as EZH2 covalent inhibitors, among which SKLB-03176 was the most potent compound. SAM competition experiments, mass spectrometry, and washing-out assays proved that SKLB-03176 could covalently bind to the SAM pocket of EZH2. Remarkably, SKLB-03176 exhibited weak activity against other targets, such as 5 histone methyltransferases and more than 30 kinases. Besides, it could inhibit the activity of a variety of EZH2 mutants and significantly inhibit the expression of H3K27Me3 in cells. Furthermore, SKLB-03176 showed no cytotoxicity to normal cells. Our data suggested that SKLB-03176 could be used as a promising lead compound for the development of new EZH2 covalent inhibitors and a valuable chemical tool to study the biological functions of EZH2 or PRC2.

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Graphical Abstract




ga1

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Highlights

A series of novel EZH2 covalent inhibitors have been designed and synthesized.
SKLB-03176 exhibited weak activity against other HMTs and more than 30 kinases.
SKLB-03176 showed no cytotoxicity to normal cells.
SKLB-03176 could be used as a valuable chemical tool.

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Keywords : EZH2, Histone methylation, Covalent inhibitor, Anti-cancer agents


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