Au-delà des moyens physiques requis pour préparer le système canalaire, le traitement endodontique s'appuie sur une riche pharmacopée pour arriver à une désinfection et une obturation tridimensionnelle étanche de l'endodonte. Durant tout le traitement, l'irrigation apparaît comme la pierre angulaire de la lutte contre les micro-organismes présents dans l'environnement endodontique. Aujourd'hui encore, l'hypochlorite de sodium, l'acide éthylène-diamine-tétra-acétique et le digluconate de chlorhexidine sont des molécules incontournables à ce titre. La pérennisation d'un endodonte désinfecté passe, lui, par une obturation pour laquelle la gutta-percha et les ciments de scellement à base d'eugénol - oxyde de zinc - restent des standards actuels même si l'apparition récente de ciments d'obturation à base de silicates de calcium bousculent quelque peu les préceptes en vigueur. En tant que minéralo-inducteurs, les silicates de calcium sous forme de ciments MTA ou de Biodentine® trouvent une autre place de choix dans la pharmacopée intracanalaire en permettant d'obturer les perforations pathologiques ou iatrogènes mettant en relation le système canalaire et le parodonte. Par ailleurs, devant la nécessité régulièrement rencontrée de procéder à un traitement endodontique en plusieurs séances, l'hydroxyde de calcium reste aujourd'hui une référence en termes de médication temporaire de routine.