Les infections respiratoires sont la première cause de mortalité par maladie infectieuse dans le monde, et le coût économique et social qu'elles induisent justifie de disposer des méthodes de diagnostic les plus efficientes. La gamme des techniques de mise en évidence directe ou indirecte des agents pathogènes est vaste et couvre l'ensemble des bactéries, virus, parasites et champignons. Le choix d'une méthode de prélèvement dépend du terrain du patient et du contexte de survenue de l'infection. L'existence d'une flore commensale dans les voies aériennes proximales, la colonisation éventuelle de l'arbre trachéobronchique par des agents pathogènes et une antibiothérapie préalable sont des éléments qui perturbent souvent l'analyse nécessaire à l'évaluation rigoureuse des méthodes de diagnostic des infections respiratoires. Les problèmes posés par le diagnostic des pneumonies acquises sous ventilation artificielle illustrent bien ces difficultés. Par ailleurs, malgré l'essor des techniques moléculaires, des progrès considérables demeurent à faire dans l'intégration et l'évaluation de toutes ces méthodes au sein de stratégies de prise en charge efficientes. En effet, une technique diagnostique n'a de sens que si elle est intégrée dans une stratégie globale de prise en charge diagnostique et thérapeutique des infections communautaires et nosocomiales, et la collaboration entre cliniciens et microbiologistes est un élément essentiel pour traiter rapidement et de façon appropriée les patients infectés, et pour contrôler l'utilisation des antibiotiques pour éviter l'émergence et le développement des résistances.