Las enfermedades hereditarias del metabolismo (EHM) son enfermedades genéticas raras causadas por un déficit de una enzima o de un transportador. Su revelación en el período neonatal es frecuente y corresponde a las formas más graves, con compromiso del pronóstico vital y un riesgo de secuelas graves. Su diagnóstico suele ser urgente y puede que se requiera un tratamiento empírico antes de tener la confirmación definitiva del diagnóstico. Estas enfermedades se clasifican en tres grupos, según su mecanismo fisiopatológico: anomalías del metabolismo de las pequeñas moléculas hidrosolubles y difusibles, bien por acumulación antes del bloqueo enzimático, para las que el mecanismo principal es una intoxicación por los sustratos acumulados (aminoacidopatías, acidurias orgánicas, déficits del ciclo de la urea, etc.), bien por carencia; anomalías del metabolismo de las moléculas complejas por acumulación, déficit o anomalías del tráfico intracelular (enfermedades lisosómicas y peroxisómicas, síndromes de trastornos congénitos de la glucosilación, etc.); anomalías del metabolismo energético, debidas a la interrupción de una vía de producción de energía por defecto del transporte de membrana, déficit del metabolismo citosólico o mitocondrial (anomalías del metabolismo de los glúcidos, de los lípidos, del ciclo de Krebs o de la cadena respiratoria). Los signos reveladores de las EHM por intoxicación no debutan hasta la etapa posnatal, tras un intervalo libre de síntomas, de unos días a varias semanas (embarazo y parto normales), mientras que para las otras EHM los síntomas pueden estar presentes en la etapa prenatal o desde el nacimiento. Varias situaciones neonatales obligan a sospechar una EHM: ausencia de causa evidente que explique los síntomas o ausencia de mejoría a pesar de un tratamiento sintomático bien realizado, antecedentes familiares sugestivos, particularidades clínicas o en las pruebas de laboratorio. En este contexto, la realización de varias pruebas simples de detección orienta el estudio etiológico (clasificación clínica y por las pruebas de laboratorio del sufrimiento neonatal) y permite comenzar un tratamiento empírico a la espera de la confirmación del diagnóstico, pensando en primer lugar en las enfermedades tratables y no necesariamente en las más frecuentes. Este artículo pretende ser una guía diagnóstica y terapéutica ante cualquier situación sugestiva de una urgencia metabólica en el período neonatal.