La enfermedad de Crohn se complica frecuentemente con una afectación anoperineal, cuya incidencia es variable en la literatura. En todos los casos, su presencia constituye una complicación grave, ya que tiene una repercusión importante sobre la calidad de vida. Además de las lesiones inflamatorias difusas y de la lesión primaria, que es la ulceración, hay que identificar las complicaciones secundarias, cuyo tratamiento es mixto, medicoquirúrgico. El cirujano interviene de urgencia para drenar un absceso y, a menudo, colocar un drenaje con sedal, ya que una fistulotomía conllevaría un riesgo demasiado elevado de incontinencia por sección del esfínter. También puede intervenir en las complicaciones crónicas. Una fístula anorrectal puede tratarse mediante drenaje con sedal prolongado si el trayecto es alto o mediante fistulotomía si el trayecto es transesfinteriano bajo o subcutáneo. Las recidivas suelen requerir una consulta especializada, porque puede ser necesario establecer la indicación de la mejor técnica posible según diversos criterios, como el grado de inflamación, la localización de los orificios, el trayecto de la fístula, la calidad del esfínter, el número de fístulas y la asociación posible a una estenosis más o menos o larga. Se dispone de varios métodos quirúrgicos para tratar una fístula inactiva: colgajo de descenso rectal, inyección de adhesivo biológico, inserción de un tapón (plug), ligadura interesfinteriana del trayecto fistuloso, colocación de un clip, inyección de células mesenquimatosas autólogas o no, realización de un colgajo de Martius o de grácil. Una estenosis anorrectal requiere dilataciones repetidas y, en caso de recidiva, el especialista valorará la indicación de una plastia. En algunos casos de enfermedad de Crohn avanzada, es posible que se proponga al paciente una ostomía temporal, incluso definitiva si las lesiones se consideran graves e irreversibles. El carácter crónico e invalidante de la afección, así como la multiplicidad de tratamientos propuestos para una misma lesión obligan a tener en cuenta la opinión del paciente sobre el tratamiento, que será medicoquirúrgico, pues se le suelen ofrecer varias soluciones, con una eficacia, complicaciones y secuelas variables.