Les affections de la trachée sont fréquentes chez les chiens, plus rares chez les chats. Chez les chiens, l'affection la plus fréquente est de loin le collapsus trachéal, suivi de la trachéobronchite infectieuse. Chez le chat, la pathologie la plus courante est la déchirure trachéale après une intubation. Les affections de la trachée peuvent être parfois à l'origine de difficultés respiratoires sévères. Le diagnostic de ces affections est fondé sur la radiographie, la fluoroscopie et la fibroscopie. Le traitement dépend de l'étiologie. Il peut être soit médical, soit chirurgical. Récemment, il est devenu possible de traiter efficacement les collapsus trachéaux avec la pose d'un stent intratrachéal.