La biopsie musculaire est un élément essentiel de la démarche diagnostique dans le cadre d'une pathologie musculaire génétique ou acquise. Un conditionnement initial optimal, dans un laboratoire spécialisé, est indispensable pour permettre la réalisation des nombreuses techniques qui peuvent être faites, soit de façon systématique, soit secondairement : histologie conventionnelle, histoenzymologie, immunohistochimie, microscopie électronique et biochimie. Cet article regroupe les principales données actuelles obtenues à partir de la biopsie musculaire, et concerne les aspects histologiques et génétiques des maladies musculaires. Les techniques utilisées sont présentées, puis les lésions élémentaires ainsi que les différentes pathologies. Les principales affections pouvant être diagnostiquées sur la biopsie musculaire sont les myopathies congénitales, les dystrophies musculaires, les myopathies inflammatoires et les myopathies métaboliques. Aux classifications purement histologiques s'ajoutent maintenant des classifications moléculaires basées sur le gène muté. C'est ainsi que des affections liées à un même gène peuvent appartenir à différents groupes morphologiques. Les myopathies congénitales sont caractérisées par une altération morphologique assez spécifique (core, bâtonnet, myotubes, inclusions diverses), souvent en association avec une hypotrophie et une prédominance des fibres de type I. La microscopie électronique peut permettre de préciser les lésions, surtout chez l'enfant. Les dystrophies musculaires peuvent être congénitales ou progressives. L'histologie montre en général des lésions de nécrose-régénération et une involution fibroadipeuse du muscle. L'immunohistochimie permet dans un grand nombre de cas d'approcher le diagnostic exact en montrant une diminution ou une absence d'expression d'une protéine membranaire. Dans les myopathies inflammatoires, l'importance et la répartition des lésions inflammatoires ainsi que le patron d'expression de l'antigène HLA de classe I permettent de porter le diagnostic. Enfin, dans les myopathies métaboliques, la biopsie musculaire permet en général le diagnostic en montrant une surcharge en glycogène, en lipides, ou une dysfonction mitochondriale, ces anomalies devant ensuite être confirmées par une étude biochimique.