Les progrès de l'imagerie morphologique et de la biologie moléculaire ont modifié notre approche des encéphalites virales. Toutefois ces outils, d'une sensibilité proche de 100 % pour certains virus, ne peuvent être utilisés que si le diagnostic est évoqué. Les cadres sémiologiques sont très variables et le clinicien est amené à discuter le diagnostic d'encéphalite virale, non seulement devant des tableaux neurologiques, mais parfois aussi en milieu psychiatrique ou de réanimation. La simple suspicion d'une origine herpétique, devant une sémiologie temporale par exemple, doit entraîner la prescription d'aciclovir, avant la confirmation du diagnostic, rapidement obtenue par les techniques d'amplification génique. La responsabilité d'autres virus, sensibles à des thérapeutiques spécifiques, est parfois soupçonnée dans un contexte d'immunodépression ou devant l'atteinte d'autres organes. C'est le cas du Cytomégalovirus, sensible au ganciclovir et au foscarnet, qui touche préférentiellement le patient immunodéprimé avec une atteinte rétinienne et colique. Dans d'autres circonstances, c'est la notion d'un séjour en zone d'endémie qui oriente le diagnostic. Pour certains de ces virus, seule l'approche vaccinale semble prometteuse.

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