Les malformations associées au névraxe, de type malformation de Chiari, sont clairement précisées par l'IRM, qui doit souvent être associée à une exploration IRM complète de l'espace intracrânien et du canal rachidien. En traumatologie, les lésions de la charnière cervicocrânienne restent parmi les plus fréquentes et parfois les plus difficiles à visualiser. L'utilisation de la scanographie systématique dans le cadre d'un polytraumatisme rend aisée l'identification des fractures les plus fréquentes, telles que les fractures de l'odontoïde ou les fractures bipédiculaires de l'axis. L'IRM est un complément indispensable en cas d'atteinte neurologique associée. Les affections rhumatismales inflammatoires infectieuses et dégénératives nécessitent souvent l'association des trois techniques d'imagerie pour bien préciser la topographie et la nature des lésions, la radiographie standard restant indispensable pour préciser d'éventuelles instabilités, notamment en cas de lésion rhumatismale inflammatoire de type polyarthrite rhumatoïde. Le diagnostic et le bilan inflammatoire des lésions tumorales intradurales de la région cervico-occipitale reposent presque exclusivement sur l'IRM. Les tumeurs extradurales nécessitent une approche complémentaire par la scanographie.