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Protein 3D structure determination by high-resolution solid-state NMR - 17/05/10

Doi : 10.1016/j.crci.2010.03.007 
Antoine Loquet, Carole Gardiennet, Anja Böckmann
IFR 128 BioSciences Lyon-Gerland, IBCP UMR 5086 CNRS, université de Lyon 1, 7, passage du Vercors, 69367 Lyon, France 

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Abstract

Developments in NMR technology, sample preparation, pulse sequence methodology and structure calculation protocols have recently allowed one to progress towards structure determination at high-resolution of proteins by solid-state NMR spectroscopy. We here report solid-state NMR protocols based on magic-angle-spinning experiments, combined with modified structure calculation protocols, for structure determination of uniformly 13C, 15N isotopically labeled proteins. We demonstrate the use of these protocols to obtain high-resolution structures for the example of the microcrystalline Crh protein. The CHHC, DARR and PAR solid-state NMR experiments, as well as the calculation protocols using the program ARIA, are presented.

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Résumé

Des progrès réalisés en technologie RMN, préparation d’échantillon, développement de séquences d’impulsions et protocoles de calcul de structures ont récemment permis la détermination de structures de protéines par la RMN du solide. Dans cette revue, nous décrivons les protocoles basés sur l’utilisation d’expériences RMN du solide combinées aux protocoles de calcul pour la détermination de structures de protéines marquées uniformément en carbon-13 et azote-15, en utilisant l’exemple de la protéine microcristalline Crh. Les expériences CHHC, DARR et PAR, ainsi que les protocoles de calcul utilisant le programme ARIA seront discutés.

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Keywords : Biophysics, NMR spectroscopy, Protein structures

Mots clés : Biophysique, Spectroscopie RMN, Structures de protéines


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Vol 13 - N° 4

P. 423-430 - avril 2010 Regresar al número
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  • Study of the residual dipolar coupling by 1H NMR MAS technique. Effect of the grafting ratio on interface polymer grafted on silica
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  • Bruno Alonso, Tzonka Mineva, Plinio Innocenzi, Gregor Trimmel, Kurt Stubenrauch, Inna Melnyk, Yuriy Zub, Franck Fayon, Pierre Florian, Dominique Massiot

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