La prescription d'antibiotiques à une femme enceinte doit tenir compte des modifications de la pharmacocinétique des médicaments lors de la grossesse, et en particulier de l'augmentation du volume de distribution, qui nécessite souvent une augmentation des doses thérapeutiques. La plupart des antibiotiques peuvent être utilisés sans danger chez la femme enceinte. Il y a cependant quelques éléments qui font conseiller d'éviter certains d'entre eux lorsqu'une alternative de prescription existe : triméthoprime et pyriméthamine étant des antifoliques, il est théoriquement possible qu'ils aient des effets indésirables sur le développement foetal au premier trimestre de grossesse, mais il n'en existe pas de preuve épidémiologique. L'érythromycine pourrait induire une augmentation du risque de cardiopathies septales. Plus tard dans la grossesse, l'administration de tétracyclines peut provoquer des défauts de coloration et une hypoplasie de l'émail des dents de lait. Une coloration grisâtre des dents définitives peut survenir si le médicament est pris à la fin de la grossesse. Il existe enfin un risque d'ototoxicité avec les aminoglycosides. En tout état de cause, il est important de traiter toute infection bactérienne chez la femme enceinte, surtout si cette infection induit une réaction fébrile : l'hyperthermie induit en effet des risques pour l'embryon et le foetus. L'antibiothérapie est de règle dans ce cas, de même que l'emploi de fébrifuges (traitement symptomatique).