La prescrizione di antibiotici a una donna gravida deve tenere conto delle modificazioni della farmacocinetica dei farmaci durante la gravidanza e, in modo particolare, dell'aumento del volume di distribuzione, che spesso richiede un aumento delle dosi terapeutiche. La maggior parte degli antibiotici può essere utilizzata senza pericolo nella donna in gravidanza. Vi sono tuttavia alcuni elementi che consigliano di evitare alcuni di essi quando esiste un'alternativa: poiché trimetoprim e pirimetamina sono antifolici, è teoricamente possibile che abbiano effetti indesiderati sullo sviluppo fetale nel primo trimestre di gravidanza, ma di ciò non esistono prove epidemiologiche. L'eritromicina potrebbe indurre un aumento del rischio di cardiopatie fetali. Nelle fasi più avanzate della gravidanza la somministrazione di tetracicline può provocare difetti di colorazione e ipoplasia dello smalto dei denti da latte. Può comparire una colorazione grigiastra dei denti definitivi se il farmaco è assunto alla fine della gravidanza. Esiste infine un rischio di ototossicità con gli aminoglicosidi. In ogni caso, è importante trattare ogni infezione batterica nella donna gravida, specialmente se questa infezione induce una reazione febbrile: l'ipertermia induce in effetti rischi per l'embrione e il feto. La terapia antibiotica è di regola in questo caso, come l'uso di antipiretici (terapia sintomatica).