Les maladies auto-immunes thyroïdiennes se développent sur un terrain génétiquement prédisposé, selon un large éventail de présentations cliniques. Elles ont en commun l'existence d'un infiltrat lymphocytaire intrathyroïdien et celle d'autoanticorps circulants dirigés contre les constituants de la glande thyroïde. Les principaux antigènes thyroïdiens sont la thyroglobuline (Tg), la thyroperoxydase (TPO), le récepteur de l'hormone thyréostimulante (RTSH), le sodium-iodure symporteur (NIS) et la pendrine. Le dosage de ces anticorps présente de bonnes sensibilité et spécificité, mais aussi des difficultés liées à l'immunoanalyse. Cet article a été réalisé afin d'aider tout biologiste ou clinicien confronté régulièrement au choix d'un réactif ou à l'interprétation d'un résultat dans le domaine thyroïdien auto-immun.