Le microbiote, que l'on l'appelait flore, désigne les communautés de micro-organismes qui résident ou transitent dans le tube digestif. Sa composition varie dans différentes niches aux conditions écologiques très différentes (gencives, estomac, mucus, côlon, etc.). Celui de la lumière colique, le plus abondant, est dominé par des membres des phyla Firmicutes et Bacteroidetes. Il a une grande biodiversité d'espèces et son métagénome contient 100 fois plus de gènes que le génome humain. Ses fonctions sont nombreuses et pour beaucoup bénéfiques (symbiose) : barrière contre les pathogènes, immunomodulation, métabolismes divers dont la fermentation, et actions sur la trophicité et la motricité intestinales. Ses déséquilibres, dénommés dysbiose, sont mieux connus du fait de progrès majeurs de la biologie moléculaire et le champ des affections qui leur sont liées est très large. Des dysbioses significatives sont observées au cours des troubles digestifs liés aux antibiotiques, de l'intestin irritable, de pullulations microbiennes, des maladies inflammatoires de l'intestin mais aussi au cours de néoplasies digestives, de l'obésité et des allergies. Les manipulations thérapeutiques du microbiote peuvent utiliser des antibiotiques mais aussi des micro-organismes probiotiques ou des substrats prébiotiques. Cet article fait le point sur ces divers aspects physiopathologiques qui progressent extrêmement rapidement.