Las afecciones crónicas del intestino comprenden las enfermedades inflamatorias crónicas del intestino, como la enfermedad de Crohn y la rectocolitis hemorrágica, la enfermedad celíaca y una afección infrecuente, la enfermedad de Hirschsprung. El origen de estas enfermedades es mixto: genético y ambiental. Sus picos de incidencia conciernen a la población en edad de procrear y, por esta razón, interfieren con la función reproductiva. El objeto de este artículo es presentar una síntesis de los datos actuales, a efectos de configurar una especie de guía de buenas prácticas con la intención de contribuir al tratamiento especializado de estas pacientes con deseos de maternidad.