Les infections fongiques invasives compliquant les états d'immunodépression ont vu leur incidence croître de manière significative. Le pronostic de ces infections est sévère et nécessite la mise en œuvre de tests diagnostiques spécialisés. Les candidoses, la pneumocystose et l'aspergillose pulmonaire invasive sont, en France, les infections les plus fréquentes. L'arsenal diagnostique s'est enrichi au fil des années, notamment avec la mise à disposition de tests de détection de différents biomarqueurs ciblant des polysaccharides de paroi ou l'acide désoxyribonucléique fongique. Une meilleure connaissance des avantages et des limites de ces tests a modifié de façon notable l'approche diagnostique. Néanmoins, pris isolément, peu de ces tests permettent un diagnostic de certitude et leur utilisation combinée est souvent recommandée.