Les pyélonéphrites aiguës lithiasiques (PNAL) sont des urgences urologiques fréquentes et potentiellement graves. La décision thérapeutique est généralement prise sans les résultats du bilan bactériologique. Nous avons étudié l’écologie bactérienne des germes identifiés dans un service d’urologie générale assurant la permanence des soins départementale en région parisienne.

Étude rétrospective de tous les dossiers de patients ayant été traités dans notre service pour PNAL entre le 01/01/13 et le 31/12/15. Tous les patients présentant un calcul urinaire obstructif et une fièvre ou une bandelette urinaire positive ont bénéficié d’une antibiothérapie probabiliste et d’un drainage des voies excrétrices supérieures en urgence avec prélèvement systématique des urines pyéliques (PUP). L’hémoculture (HC) n’était pas systématique. La nature et la sensibilité des germes responsables identifiés sur ECBU vésical, HC ou PUP a été étudiée.

Cent neuf patients (34 hommes) ont été traités, dont 16 pour un sepsis sévère. Il y a eu 3 décès. L’ECBU vésical était négatif dans 44/109 cas (40 %). Dans 10/44 cas, le germe a été identifié sur le PUP et dans un cas sur l’HC seulement et chez 33 patients aucun germe n’a été retrouvé Les germes étaient Escherichia coli (66 %), Proteus mirabilis (17 %), Enterococcus (5 %), Klebsiella sp (5 %), Pseudomonas aeruginosa (2 %). Trois germes (4 %) étaient des EBLSE (12 patients avaient au moins un facteur de risque). Les résistances observées étaient de 57 % à l’amoxicilline, 28 % à l’amoxicilline+acide clavulanique, 7 % aux C3G, aux 22 % quinolones et 28 % au cotrimoxazole. Les 3 décès (3 femmes, 59 à 88ans) étaient associés à un P. aeruginosa multisensible, à un E. coli multisensible et à un E. coli multirésistant.

Les germes identifiés correspondent à l’écologie bactérienne habituellement rapportée en France. On constate une augmentation des résistances à l’amoxicilline et aux quinolones. Les C3G restent le traitement probabiliste indiqué, en association avec l’amikacine. La proportion d’EBLSE devient significative. Dans 30 % des tableaux cliniques et biologiques le bilan bactériologique est négatif.