L’organisme humain vit normalement en symbiose avec un environnement microscopique considérable, présent sur toutes les interfaces avec le milieu extérieur ; il héberge dix fois plus de microbes (microbiote) qu’il ne compte de cellules somatiques ou germinales, représentant une diversité génique (microbiome) 100 à 150 fois plus élevé que celle du génome humain. Ces germes sont localisés pour l’essentiel dans l’intestin où ils représentent une masse d’environ un kilo. La primo-colonisation du tube digestif dépend de la voie d’accouchement, la flore bactérienne s’enrichissant ensuite en fonction de l’environnement, de l’alimentation, des conditions d’hygiène, des traitements médicamenteux. Le microbiote intestinal joue un rôle majeur dans la maturation du système immunitaire et dans différentes fonctions physiologiques : digestion des polysaccharides, des glycosaminoglycanes et des glycoprotéines, biosynthèse de vitamines, métabolisme des sels biliaires, de certains acides aminés et des xénobiotiques. Des modifications quantitatives et qualitatives du microbiote sont observées dans un large éventail de pathologies : obésité, cancer colorectal, hépatocarcinome, maladies inflammatoires de l’intestin, maladies auto-immunes, allergiques... La pharmacobiotique a pour objectif de modifier le microbiote intestinal dans un but thérapeutique et ceci par différents moyens : prébiotiques, probiotiques, antibiotiques ou transplantations fécales. La flore intestinale joue également un rôle direct dans le métabolisme de certains médicaments et le microbiote doit être considéré comme un paramètre prédictif de réponse à certaines chimiothérapies.

The human body normally lives in symbiosis with a considerable microscopic environment, present on all interfaces with the external environment ; it hosts ten times more microbes (microbiota) that it has somatic or germ cells, representing a gene diversity (microbiome) 100-150 times higher than the human genome. These germs are located mainly in the gut, where they represent a mass of about one kilogram. The primary colonization of the gastrointestinal tract depends on the delivery route, the bacterial flora rewarding then depending on the environment, food, hygiene, medical treatments. The intestinal microbiota plays an important role in the maturation of the immune system and in different physiological functions : digestion of polysaccharides, glycosaminoglycans and glycoproteins, vitamins biosynthesis, bile salt metabolism of some amino acids and xenobiotics. Quantitative and qualitative changes in the microbiota are observed in a wide range of diseases: obesity, colorectal cancer, liver cancer, inflammatory bowel disease, autoimmune diseases, allergies... pharmacobiotics aim to modify the intestinal microbiota in a therapeutic goal and this by various means : prebiotics, probiotics, antibiotics or fecal transplants. Intestinal flora also plays a direct role in the metabolism of certain drugs and the microbiota should be considered as a predictive parameter of response to some chemotherapies.