La grippe est un problème de santé publique persistant compte tenu d’épidémies saisonnières récurrentes qui justifient une surveillance épidémique et virologique. La détection de virus par RT-qPCR, largement utilisée pour la surveillance, est principalement un outil diagnostique qualitatif, mais permet également une estimation de la charge virale. Nous avons analysé les facteurs associés au niveau estimé de charge virale nasopharyngée de patients consultant en soins primaires avec un diagnostic d’infection par un virus grippal confirmé.

Les patients recrutés par le réseau de surveillance en soins primaires durant les saisons 2010–2011 à 2017–2018 pour lesquels un écouvillonnage nasopharyngé était positif pour un virus de type A ou de type B, diagnostiqué par RT-qPCR, étaient inclus. Pour chaque patient, des données épidémiologiques et cliniques étaient collectées. Les analyses par RT-qPCR, permettaient l’identification du virus et l’estimation de la charge virale. Les facteurs associés au niveau de charge virale étaient identifiés par régression linéaire et ceux associés à la sévérité (présence d’une dyspnée ou hospitalisation) par régression logistique.

Sur l’ensemble des saisons, 6297 patients ont été inclus dans l’analyse. La proportion d’hommes était de 50,7 %, l’âge médian (intervalle inter quartile) au diagnostic était de 20 ans (6–43). Le virus grippal était A(H1N1)pdm09 chez 1722 (27,4 %) patients, A(H3N2) chez 2184 (34,7 %) patients et B chez 2345 (37,2 %) patients. En analyse multivariée, les patients infectés par des virus de type A(H3N2) et B présentaient des charges virales significativement plus élevées que les patients infectés par des virus de type A(H1N1)pdm09 (p<0,001). Les saisons 2012–2013 et 2014–2015 étaient caractérisées par des charges virales significativement plus basses que les autres saisons (p<0,001). Les autres facteurs associés à une augmentation de la charge virale sont les âges extrêmes (<2, 2–4, 4–15 et ≥65 ans ; p<0,001), le sexe masculin (p=0,01), la présence d’une rhinite (p<0,001), et la vaccination chez des patients de 65 ans et plus ou immunodéprimés (p=0,04). En analyse multivariée, une charge virale élevée était associée à une augmentation de la sévérité, mais le type de virus n’était pas associé à la sévérité.

Après ajustement pour les facteurs confondants parmi lesquels le type de virus, des fluctuations persistaient d’une saison à l’autre, sans explications pertinente à ce jour. On remarque cependant que les saisons associées aux plus faibles charges virales sont les saisons pendant lesquelles les 3 virus co-circulaient.