Les coronavirus humains OC43 (HCoV-OC43) sont des agents communs, notamment chez les jeunes enfants, d’infections des voies respiratoires hautes et parfois basses. Ils appartiennent au genre Betacoronavirus et sont génétiquement très différents d’autres HCoV incluant les HCoV-229E et -NL63. De plus, il a été décrit que l’épidémiologie et la symptomatologie associées à leurs infections différent de celle des autres HCoV. Depuis 2017, nous réalisons au laboratoire de microbiologie et virologie clinique de notre centre hospitalo-universitaire (CHU) l’identification des HCoVs. Nous décrivons ici les caractéristiques épidémiologiques et cliniques des infections à HCoV-OC43 diagnostiquées au cours des trois dernières années.

Les prélèvements respiratoires testés pour la présence du HCoV-OC43 ont été ceux adressés de janvier 2017 à décembre 2019 pour recherche de virus respiratoire au laboratoire de diagnostic microbiologique et virologique de notre CHU. Le diagnostic de HCoV-OC43 a été réalisé par PCR en temps réel avec les trousses FTD Respiratory pathogens 21 (Fast Track Diagnosis, Luxembourg) ou Biofire Filmarray Respiratory panel 2 plus (Biomérieux, France).

Un total de 16 357 prélèvements respiratoires de 11 976 patients ont été testés au cours de la période de l’étude (3 ans). Un HCoV a été détecté dans 554 prélèvements (3,4 %) obtenus de 483 patients (4 %). HCoV-OC43 a été détecté dans 157 prélèvements (1,0 % ; 29 % de ceux HCoV-positifs) de 136 patients (1,1 % ; 28 % des patients HCoV-positifs) : 66 femmes et 70 hommes (sex-ratio H :F=1,1). L’âge moyen des patients HCoV-OC43-positifs était de 36±34 ans (min.–max. : 0–97 ans) avec respectivement 26 (19 %), 26 (19 %), 7 (5 %), 4 (3 %), 9 (7 %), 23 (17 %), 17 (12 %) et 24 (18 %) patients de<1, 1–5, 5–15, 15–25, 25–45, 45–65, 65–75 et>75 ans. Deux pics d’incidence ont été observés en octobre 2017 lorsqu’ils ont représenté 83 % des infections à HCoV et en septembre-octobre 2018 (81 %). Douze patients HCoV-OC43-positifs (9 %) ont été admis en réanimation. Trois (2,2 %) sont décédés : une femme de 95 ans institutionnalisée ayant présenté une pneumopathie sans co-infection, un nourrisson de 10 mois ayant présenté hypoxie d’étiologie inconnue, et un homme de 77 ans ayant présenté une pneumopathie sur cancer pulmonaire et co-infecté par Streptococcus pneumoniae.

Cette large série de cas montre que les HCoV-OC43 sont dans notre CHU une cause non négligeable d’infections respiratoires touchant particulièrement les âges extrêmes et pour lesquelles il n’existe pas actuellement de médicament actif approuvé. Ces résultats justifient d’inclure systématiquement dans le diagnostic des infections respiratoires le dépistage et l’identification des HCoV-OC43 qui restent des virus négligés. Ceci permettra de mieux caractériser l’épidémiologie, la symptomatologie, les co-infections et la mortalité associés à leurs infections.