Surveillance génomique du SARS-CoV-2 - Analyse des données et évaluation de la stratégie de séquençage en Tunisie (janvier 2021-février 2022) - 08/09/23
, M. Safer, W. Klai, A. Hchaichi, S. Dhaouadi, H. Letaief, L. Bouabid, S. Darouich, N. El Mili, H. Triki, I. Boutiba, M. Mastouri, L. Fki Berrajah, N. Bouafif Ben Alaya
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Résumé |
Introduction |
En raison de l'émergence du variant Alpha au Royaume-Uni en 2020 et de son risque de transmission accrue, le ministère de la Santé en Tunisie a mis en place une stratégie séquençage du SARS-CoV-2 dans l'objectif de surveillance en santé publique.
Objectif |
Analyser les données de surveillance génomique du SARS-CoV-2 en Tunisie de janvier 2021 à février 2022, et évaluer sa mise en œuvre conformément aux recommandations internationales et à la stratégie nationale de surveillance génomique à des fins de santé publique.
Méthodes |
Une étude descriptive dans la première partie a inclus toute Rt-PCR séquencés pendant la période d'étude. Un audit interne dans la seconde partie a évalué la conformité de la mise en œuvre de la stratégie par rapport à un référentiel préétabli. Un total de 12 exigences liées aux domaines suivants a été inclus dans ce référentiel : 1/Echantillonnage (3 exigences) ; 2/Collecte-analyse des données (6) ; 3/Notification (1) ; 4/Partenariat (1) et 5/Considérations éthiques (1).
Résultats |
Au total, 4819 échantillons ont été envoyés aux laboratoires, 4278 ont été séquencés et 3648 classifiés. Les échantillons de variants préoccupants (VOC) représentaient 80,92 % et étaient classées en variant : Alpha 40,24 %, Beta 0,24 %, Gamma 0,03 %, Delta 45,26 % et Omicron 14,19 %. Trois phases principales de circulation des VOCs par semaine ISO ont été identifiées : Alpha : 3/2021-25/2021; Delta: 26/2021-2/2022 et Omicron:3/2022-6/2022. L’évaluation de la conformité de la mise en œuvre de la surveillance génomique a montré que sur un total de 12 exigences, 7 ont été considérées "faibles", 4"moyennes" et 1 "satisfaisante", mais n'ayant pas totalement atteint les objectifs.
Conclusion |
L'audit interne de la stratégie nationale de séquençage SARS-CoV-2 a révélé un niveau de conformité global faible. L'évaluation de cette stratégie déclenchera une réflexion permettant de mettre en place une approche de surveillance épidémio-génomique à des fins de détection précoce et d'orientation des mesures de riposte lors des épidémies causées par des agents pathogènes à haut pouvoir mutagène.
Le texte complet de cet article est disponible en PDF.Mots-clés : Surveillance génomique, SARS-CoV-2, Audit, Tunisie
Vol 71 - N° S3
Article 101933- septembre 2023 Retour au numéro
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