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Neuroscience Informatics

A MATLAB-based tool for converting fNIRS time-series data to Homer3-compatible formats - 07/05/25

Doi : 10.1016/j.neuri.2025.100205 
Chao Wang a, b, c, ⁎, Xiaojun Cheng d, Shichao Liu a, ⁎
a Civil, Environmental, and Architectural Engineering Department, Worcester Polytechnic Institute, Worcester, MA, USA 
b Department of Psychiatry, Harvard Medical School, Boston, MA, USA 
c Psychotic Disorders Division, McLean Hospital, Belmont, MA, USA 
d Neurophotonics Center, Department of Biomedical Engineering, Boston University, MA, USA 

⁎Corresponding authors.
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Abstract

Functional Near-Infrared Spectroscopy (fNIRS) is increasingly used in cognitive neuroscience and clinical research, yet preprocessing raw time-series data remains challenging. We introduce a lightweight MATLAB tool to automate the conversion of fNIRS data into Homer3-compatible “*.nirs” format. Our solution targets non-SNIRF raw data and offers a standardized, user-friendly method to streamline fNIRS data preparation. This Technical Note describes the tool's design, workflow, and potential improvements for future development.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Keywords : fNIRS data preprocessing, Homer3 compatibility, MATLAB conversion tool, Optical density fluctuations, Data standardization


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Vol 5 - N° 2

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