Le microbiote intestinal humain est composé de 10 ¹³ à 10 ¹⁴  bactéries et constitue en cela le principal réservoir bactérien. Le développement des méthodes de séquençage à haut débit a permis d'approfondir considérablement les connaissances sur cet organe métabolique mal connu, notamment vis-à-vis de ses liens avec un certain nombre de pathologies intestinales et extra-intestinales. Le microbiote intestinal est aussi un réservoir majeur de bactéries résistantes aux antibiotiques comme les entérobactéries productrices de bêtalactamases à spectre étendu ou de carbapénémases. La prise d'antibiotiques joue un rôle majeur dans ces phénomènes en altérant la diversité des populations du microbiote intestinal (et notamment l'effet barrière qu'elles exercent) et en augmentant les densités intestinales des bactéries résistantes. Ainsi, de nombreuses méthodes ciblant le microbiote intestinal et visant à préserver ou restaurer son intégrité sont en développement et constituent autant de pistes intéressantes dans la lutte contre la résistance aux antibiotiques. Dans cette revue sont abordés en parallèle la description et les méthodes d'étude du microbiote intestinal et de son résistome, ainsi que l'effet des antibiotiques sur ces deux compartiments et les pathologies associées aux perturbations du microbiote intestinal. Enfin, sont détaillées les pistes abordées pour maintenir ou restaurer l'intégrité de ce microbiote.