Mayotte, département français de l'océan Indien, est l’une des quatre îles de l’archipel des Comores. C’est une zone de transmission permanente du paludisme, quasi exclusivement à Plasmodium falciparum (95 % des cas). Les deux principaux vecteurs sont Anopheles gambiae et Anopheles funestus.

En 2001, en réaction à une situation épidémiologique se dégradant, les autorités sanitaires instaurent un nouveau programme de lutte contre le paludisme. Diverses mesures sont progressivement mises en place : utilisation systématique de tests de diagnostic rapide (TDR), adoption d’une combinaison thérapeutique à base d’artémisinine (artéméther-luméfantrine) pour le traitement de première ligne des accès simples, mise en place d’un système de surveillance avec notification systématique de tous les cas de paludisme diagnostiqués, réorganisation et renforcement de la lutte antivectorielle.

De 2002 à 2024, 4819 cas acquis localement seront notifiés à Mayotte. L'incidence annuelle a régulièrement diminué de 10,3‰ en 2002 (1649 cas) à moins de 0,01‰ en 2020 (2 cas). Depuis 2009, l'incidence des cas acquis localement est inférieure à 1 ‰. Le dernier cas acquis localement a été notifié en juillet 2020, signant l’arrêt de la transmission indigène du paludisme. L’île peut désormais être considérée comme une zone exempte de paludisme.

Durant cette période 2002-2024, 2089 cas importés seront observés. Ils proviennent principalement de l’Union des Comores (UC) avec 84 % des cas, de Madagascar (7 %) et d'Afrique continentale (9 %). Les vecteurs compétents étant toujours présents, le territoire reste sous la menace permanente d'une réintroduction via ces cas importés.

Dans l’UC, la situation épidémiologique est fluctuante. La lutte antipaludique basée, entre autres mesures, sur des campagnes de traitement de masse a permis de faire reculer l’incidence de 158 ‰ (103 670 cas) en 2010 à 2,3 ‰ (1 734 cas) en 2016. Malheureusement la situation est de nouveau préoccupante avec une incidence de 64 ‰ (55 277 cas) en 2024. Le nombre de cas importés de l’UC à Mayotte est proportionnel au nombre de cas observés aux Comores (5 cas en 2016 pour 96 cas en 2024).

Ainsi en 2025, pour la première fois depuis 2020, des cas acquis localement ont été notifiés à Mayotte au sein de 2 foyers distincts (villages de Bandrélé 9 cas et de Longoni 4 cas), durant la période juillet-août. Une intervention rapide des autorités sanitaires avec mise en œuvre d’actions de dépistage actif par TDR a permis de contenir ces 2 foyers de transmission locale.

Le programme de lutte contre paludisme en vigueur actuellement à Mayotte doit rapidement être réorienté dans l’objectif de prévenir une réintroduction de la maladie. Notre destin étant étroitement lié à celui de nos voisins, la mise en œuvre d’une politique de coopération régionale dans la lutte contre le paludisme serait la bienvenue.