L’épidémiologie clinique et moléculaire de l’acquisition de C3G-R-E chez les nouveau-nés reste peu documentée à Madagascar, malgré le fardeau élevé des infections bactériennes néonatales.

Dans une zone rurale de Madagascar (2021–2022), 67 foyers avec un nouveau-né ont été inclus. Des visites ont été réalisées à la naissance, puis aux jours 3, 7, 14, 21 et 28, avec prélèvements de selles chez les nouveau-nés, les mères (ainsi que des prélèvements du lait maternel et du mamelon), les autres membres du foyer et les berceaux. Tous les isolats C3G-R-E ont été soumis à un séquençage génomique complet. Les souches identiques ont été identifiées à l’aide d’un seuil de similarité défini empiriquement et par regroupement en clusters. Les facteurs de risque ont été analysés à l’aide d’un modèle de survie Andersen–Gill prenant en compte l’acquisition récurrente de souches distinctes.

Au total, 320 individus ont fourni 2793 prélèvements (1 780 génomes). La colonisation digestive par C3G-R-E était très fréquente: 95,5 % des mères, 95,1 % des enfants et 100 % des autres adultes étaient colonisés au moins une fois. Les nouveau-nés avaient une prévalence cumulée plus faible (62,7 %, p < 0,05) présentait un profil d’espèces distinct (dominé par Klebsiella/Enterobacter , versus E. coli ), et comportaient un nombre plus restreint de souches (médiane 2 vs. 5, p < 0,05). Des profils similaires ont été observés dans les échantillons de lait et de mamelon, colonisés au moins une fois dans 46,2 % et 53,7 % des cas, respectivement. Les facteurs de risque associés à la colonisation du lait maternel étaient la consommation de viande crue, la saison des pluies et l’absence d’électricité. L’utilisation d’antibiotiques chez le nouveau-né était associée à la colonisation du mamelon. Des souches identiques ont été retrouvées dans 19,4 % des paires lait-nouveau-né et 28,3 % des paires mamelon–nouveau-né. Le principal facteur de risque d’acquisition néonatale était l’allaitement maternel non exclusif, tandis que la colonisation du lait ou du mamelon n’était pas significative.

Les nouveau-nés présentent des profils de colonisation distincts par C3G-R-E. Si l’allaitement maternel pourrait jouer un rôle, l’introduction précoce d’aliments autres que le lait maternel semble être le principal facteur de risque.