À partir de l’année 2006, un Projet d’élimination du paludisme est mis en œuvre aux Comores en collaboration avec les partenaires financiers. Des efforts considérables sont fournis par le Gouvernement et ses Partenaires Techniques et Financiers, et plusieurs interventions de haut impact ont été entreprises. Depuis 2016, le pays est déclaré par l’OMS comme pays en voie d’élimination du paludisme parmi 36 pays, dont 6 en Afrique.

Les résultats encourageants de 2015 ont permis au Gouvernement comorien de s’engager en 2016 à faire des Comores un pays émergent sans paludisme à l’horizon 2030. Au cours de ces douze dernières années d’exécution du projet, la prévalence du paludisme a baissé significativement avec une réduction de l’incidence dans les districts. Le nombre des cas de paludisme est passé de 54 129 en 2013 à 2 142 en 2014, puis à 1 072 cas en 2015. Le nombre de décès dus au paludisme est réduit jusqu’à 0 en 2014 et en 2016. Les données épidémiologiques montrent que Mohéli et Anjouan n’ont plus de cas autochtones, ce qui place ces deux îles en phase de pré-élimination.

La survenue en décembre 2019 de la pandémie de COVID-19 constitue une menace sérieuse pour le maintien des acquis de la lutte engagée contre le paludisme. L’élimination prévue en 2020 n’a pas pu être atteinte, au vu de l’évolution de la situation épidémiologique à partir de 2018. Ainsi, l’objectif d’élimination a été reporté à 2025. Le pays a adhéré à l’initiative E-2025 de l’OMS, rassemblant les pays disposant du potentiel d’éliminer le paludisme d’ici 2025.

Malgré ces efforts, une remontée inquiétante des cas est observée dans les districts sanitaires de Ngazidja depuis le dernier trimestre de 2023, ce qui rend vulnérables les îles de Ndzuwani (Anjouan) et Mwali (Mohéli), déjà en phase d’élimination depuis plus de dix ans (0 cas autochtone). Une véritable flambée de cas en 2024 (55 277 cas) a été constatée, s’expliquant principalement par la non-adhésion aux stratégies de lutte contre le paludisme mises en place.