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Transplantation de microbiote fécal : où en est-on après une décennie de développement ? - 25/03/26

Faecal microbiota transplantation: Where are we now a decade later?

Doi : 10.1016/j.mmifmc.2026.02.001 
Bleibtreu Alexandre a, b, c,
a Service des Maladies Infectieuses et Tropicales, AP-HP.SU Pitié Salpêtrière, Paris, France. 
b Sorbonne Université, CNRS, Inserm, Centre d'Immunologie et des Maladies Infectieuses, CIMI, F-75013 Paris, France. 
c Centre de TMF de l’APHP, AP-HP.SU, Saint Antoine Hospital, Paris, France. 

Auteur correspondant.
Sous presse. Épreuves corrigées par l'auteur. Disponible en ligne depuis le Wednesday 25 March 2026

Points forts

La transplantation de microbiote fécal (TMF) s’est imposée comme la thérapie la plus efficace des infections récidivantes à Clostridioides difficile (ICD), avec des taux de guérison globaux de 98 %, surpassant ainsi largement la fidaxomicine et la vancomycine.
Un essai récent montre l’efficacité de la TMF dès la première récidive, ouvrant la voie à un positionnement de plus en plus précoce.
Dans les autres indications, les résultats de la TMF sont issus d’essais pilotes ou d’études de petite taille, nécessitant des validations rigoureuses avant toute application clinique large.
Les consortia bactériens sont des mélanges de souches cultivées en laboratoire ouvrant la voie à la personnalisation et à l’industrialisation, mais restant moins efficaces que la TMF traditionnelle dans l’ICD.
L’accès à la TMF en France reste inégal, tout en étant sous contrôle strict par l’ANSM et les ARS.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Highlights

Faecal microbiota transplantation (FMT) has established itself as the most effective therapy for recurrent Clostridioides difficile infections (CDI), with overall cure rates of 98%, far surpassing fidaxomicin and vancomycin.
A recent trial shows the effectiveness of FMT from the first recurrence, paving the way for increasingly early use.
In other indications, FMT results are based on pilot trials or small studies, requiring rigorous validation before any widespread clinical application.
Bacterial consortia are mixtures of strains cultivated in the laboratory, paving the way for personalization and industrialization, but remain less effective than traditional FMT in recurrent CDI.
Access to FMT in France remains uneven, while being strictly controlled by the ANSM and ARS.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Résumé

La transplantation de microbiote fécal (TMF) s’est imposée comme la thérapie la plus efficace des infections récidivantes à Clostridioides difficile (ICD). Une méta-analyse en réseau confirme la supériorité de la TMF par rapport à la fidaxomicine et à la vancomycine, et les données récentes éclairent ses mécanismes (recolonisation, résistance à la colonisation, métabolites tels que les acides gras à chaînes courtes, immunomodulation).

Les résultats hors ICD (MICI, métabolique, neuro-immunitaire) demeurent hétérogènes et de niveau de preuve faible à modéré. En France, l’efficacité et la sécurité (moins de 1 % d’événements graves) sont rapportées dans des séries multicentriques. La TMF évolue vers des approches standardisées : biothérapies vivantes approuvées, consortia bactériens et outils d’ingénierie du microbiote (phages, CRISPR), qui ouvrent la voie à une médecine microbienne de précision. Ces innovations visent en effet à réduire la variabilité inter-donneur, améliorer la sécurité et cibler des fonctions écologiques clés. Cependant, elles restent à l’heure actuelle moins efficaces que la TMF traditionnelle.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Abstract

Faecal microbiota transplantation (FMT) has been established as the most effective therapy for recurrent Clostridioides difficile infections (CDI), with cure rates superior to conventional antibiotic therapies. A network meta-analysis confirms the superiority of FMT over fidaxomicin and vancomycin, and recent data shed light on the mechanisms involved (recolonisation, resistance to colonisation, metabolites such as short-chain fatty acids, immunomodulation). Results outside of CDI (inflammatory bowel diseases, metabolic, neuroimmune) remain heterogeneous and have low to moderate levels of evidence. In France, efficacy and safety (less than 1% serious events) have been reported in multicenter series. FMT is evolving towards standardized approaches such as approved live biotherapies, bacterial consortia and microbiota engineering tools (phages, CRISPR), which are paving the way for precision microbial medicine. These innovations aim to reduce inter-donor variability, improve safety, and target key ecological functions. However, they currently remain less effective than traditional FMT.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Mots-clés : TMF, ICD, Biothérapie, Médecine personnalisée

Keywords : FMT, CDI, Biotherapy, Personalized medicine


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