La détection de la résistance d' Helicobacter pylori (Hp) à la clarithromycine (Clr) est cruciale pour guider le choix thérapeutique. La PCR sur broyats de biopsies gastriques a l'avantage de permettre l'identification rapide de mutations conférant une résistance à la Clr. La mise en culture des broyats reste utile pour réaliser l'antibiogramme phénotypique (ATB) en cas de résistance à la Clr. Il permet également la détection d'hétéro-résistance pouvant échapper à l'analyse moléculaire.

Nous avons réalisé une étude rétrospective incluant toutes les recherches d'Hp sur biopsies gastriques effectuées entre le 12/12/2023 et le 12/12/2025 dans l'unité d'endoscopie digestive d'un centre hospitalier général. Les biopsies étaient insérées en milieu de transport Portagerm Pylori (bioMérieux®) et mises en culture systématiquement sur gélose Pylori (bioMérieux®) suivie d'une PCR (RidaGene H.pylori multiplex kit, R-Biopharm®) sur les broyats. Cette PCR permet la détection d'Hp et des mutations A2142G/C et A2143G du gène de l'ARNr 23S, associées à la résistance d'Hp à la Clr. Nous avons déterminé la sensibilité à la Clr, la lévofloxacine, la rifampicine et la tétracycline par E-test sur milieu MH-F (bioMérieux®) selon les recommandations du CASFM-2024.

La PCR a permis la détection d'Hp dans 622 échantillons (16,6%) sur 3736, dont 117 (18,8%) avec une résistance génotypique à la Clr. La culture était positive dans 95,2% des cas (n=592) dont 98,8% (n=585) avec CMI réalisées. D'autres genres bactériens étaient isolés en association avec Hp ( Lactobacillus, Capnocytophaga ), rendant parfois l'isolement d'Hp impossible (n=8).

Le délai médian d'obtention du résultat de la PCR était de 3 j (IQR: 2-6 j) contre 9 j (IQR: 8-14 j) pour la culture (p < 0,01; Mann-Whitney).

Parmi les 123 souches (21,0%) résistantes à la Clr (CMI > 0,5 mg/L) selon l'ATB, 22 (17,9%) étaient associées à un résultat de PCR indiquant un phénotype sauvage. Une hétéro-résistance a pu être objectivée par la présence de colonies d'une sous-population d'Hp au-delà de 0,5 mg/L.

Nos données indiquent une sensibilité de détection de la résistance à la Clr par PCR par rapport aux CMI de 82,1% (IC _95%: 74,2-88,4%) et une spécificité de 100% (IC _95%: 99,2-100%).

Concernant les autres antibiotiques, une résistance à la lévofloxacine a été observée chez 20% des souches (n=117) et présente chez 33,3% (n=41) des souches résistantes à la Clr. Aucune souche n'était résistante à la tétracycline. Nous avons constaté des difficultés d'interprétation des CMI pour la rifampicine, avec 12 souches rendues résistantes dont seulement 2 cas confirmés par le CNR (mutation D530A jamais décrite et D530E).

La détection de la résistance à la Clr par PCR permet l'adoption rapide d'un traitement d'éradication ciblé. Néanmoins, l'existence de doubles populations témoigne de la pertinence de la réalisation parallèle d'un ATB. Ces doubles populations incluent une sous-population majoritaire sensible, détectée par PCR, ainsi qu'une sous-population minoritaire résistante, détectée grâce à un inoculum lourd (3 McF). L'ATB est également indispensable en cas de détection génotypique de résistance à la Clr pour guider l'adoption d'un traitement ciblé.