Les infections à Salmonella demeurent un enjeu majeur de santé publique à l'échelle mondiale. La dissémination des souches multirésistantes d'origine animale vers l'homme via la chaîne alimentaire représente une menace persistante pour l'efficacité des antibiothérapies. Les données historiques constituent un levier essentiel pour comprendre l'émergence et la dynamique de la résistance antimicrobienne, et pour orienter les stratégies actuelles de surveillance intégrée. Cette étude visait à décrire la prévalence, les profils de résistance aux antibiotiques, ainsi que les déterminants génétiques de la résistance et de la virulence des souches de Salmonella isolées chez l'homme, dans les aliments et chez l'animal, dans une approche « One Health ».

Une étude prospective a été conduite entre juillet 2012 et juillet 2013. Un total de 754 prélèvements a été analysé, incluant des selles humaines (186), des carcasses de poulets (300) et des fèces de poulets (268). L'isolement de Salmonella a été réalisé. Les antibiogrammes, le sérotypage et la détermination des concentrations minimales inhibitrices (CMI) ont été effectués selon les méthodes standard. Une caractérisation moléculaire des gènes de résistance, de virulence et des intégrons a été réalisée sur 80 souches représentatives.

La prévalence globale de Salmonella était de 5 % (10 sur 186) chez l'homme, 18 % (48 sur 268) dans les selles de poulets et 53 % (159 sur 300) sur les carcasses de poulets, avec une augmentation significative durant la saison chaude. Les sérotypes prédominants comprenaient Salmonella Kentucky, Salmonella Brancaster, Salmonella Senftenberg, Salmonella Sandiego et Salmonella Istanbul. Une forte résistance aux quinolones et fluoroquinolones a été observée, notamment à l'acide nalidixique et à la ciprofloxacine, ainsi qu'à d'autres antibiotiques tels que les triméthoprimes, les aminoglycosides et certaines céphalosporines. Les mécanismes de résistance étaient d'origine plasmidique et chromosomique, impliquant des mutations favorisant l'échappement aux antibiotiques. Les intégrons de classe 1 étaient les plus fréquents, 33 % (80 isolats), et portaient des résistances multiples aux triméthoprimes, aux aminoglycosides et à d'autres antibiotiques. Les principaux facteurs de virulence, tels que la capacité à envahir les cellules intestinales, à survivre dans les macrophages, à produire des toxines, à favoriser la survie dans l'intestin et à provoquer la diarrhée, étaient largement distribués, notamment parmi les isolats humains et animaux. Le secteur alimentaire présentait une prévalence plus élevée des souches résistantes, suggérant un risque accru. Par ailleurs, dans les secteurs vétérinaire et alimentaire, la co-présence d'une ou de plusieurs souches de Salmonella au sein d'un même échantillon a été mise en évidence.

Bien que fondée sur des données collectées entre 2012 et 2013, cette étude met en évidence une circulation précoce des souches de Salmonella hautement résistantes et potentiellement virulentes tout au long de la chaîne alimentaire. Elle constitue une base de référence pertinente pour l'analyse de l'évolution de la résistance antimicrobienne et souligne l'importance actuelle d'une surveillance intégrée « One Health », de la ferme à l'assiette, en cohérence avec les recommandations internationales.