Les gastro-entérites sont le plus souvent d’origine virale, Rotavirus et Norovirus étant les virus les plus fréquemment en cause chez les jeunes enfants. Les PCR multiplex permettent de détecter de nombreuses espèces bactériennes, virales ou parasitaires, pas toujours responsables des symptômes observés et qui ne justifient pas de traitement anti-infectieux chez des patients sans pathologie sous-jacente. Parmi les causes bactériennes, très peu nécessitent un traitement antibiotique en dehors des shigelloses, des formes graves de salmonellose et une partie des infections à Campylobacter sp . L’évolution de la résistance aux antibiotiques des Salmonelles, Shigelles et Campylobacter est préoccupante dans le monde, limitant les options thérapeutiques. Les antibiotiques proposés dans ce guide sont en accord avec les recommandations communes de l’European Society of Pediatric Infectious Diseases et l’European Society of Pediatric Gastroenterology and Nutrition. L’azithromycine est préférentiellement utilisée pour traiter les infections à Shigella sp . ou à Campylobacter sp . La ceftriaxone est recommandée pour traiter les salmonelloses nécessitant une antibiothérapie. Les traitements empiriques, sans identification bactérienne, ne sont pas indiqués en dehors d’un sepsis sévère ou chez des sujets à risque (drépanocytose par exemple). La prescription de métronidazole pour une amibiase intestinale aiguë ne doit être faite qu’après confirmation parasitologique.

Acute gastroenteritis in children is most commonly of viral origin, with rotavirus and norovirus being the predominant pathogens in young children. Multiplex PCR assays enable the detection of a wide range of bacterial, viral, and parasitic organisms; however, these microorganisms are not always responsible for the clinical symptoms observed and, in the absence of underlying comorbidities, do not systematically warrant anti-infective treatment. Among bacterial etiologies, only a limited number require antibiotic therapy, namely shigellosis, severe forms of salmonellosis, and selected cases of Campylobacter spp. infection. The global increase in antimicrobial resistance among Salmonella, Shigella, and Campylobacter is a growing concern and significantly restricts therapeutic options. The antibiotics recommended in this guidance are consistent with the joint recommendations of the European Society for Pediatric Infectious Diseases and the European Society for Paediatric Gastroenterology, Hepatology and Nutrition. Azithromycin is the preferred treatment for Shigella spp. and Campylobacter spp. infections. Ceftriaxone is recommended for salmonellosis requiring antimicrobial therapy. Empirical antibiotic treatment, in the absence of bacterial identification, is not indicated except in cases of severe sepsis or in high-risk patients (e.g., sickle cell disease). Metronidazole for acute intestinal amoebiasis should only be prescribed after parasitological confirmation.