Pneumocystis carinii (Pc), est un micro-organisme eucaryote ubiquitaire. Il s'agit d'un champignon opportuniste pouvant se développer chez différents mammifères. Il détermine chez les patients immunodéprimés, en particulier au cours du sida, une pneumopathie grave, fatale en l'absence de traitement. Bien que le diagnostic et la thérapeutique soient maintenant maîtrisés, de nombreuses énigmes persistent en particulier au niveau épidémiologique. En effet, en l'absence de milieu de culture permettant d'isoler Pc in vitro, on ignore toujours où et sous quelle(s) forme(s) il se trouve dans la nature. Ainsi le mode de contamination reste à préciser, même si la voie aérienne semble la plus probable du fait de la localisation pulmonaire de la pneumocystose (PPC).

Les techniques de biologie moléculaire, et plus spécialement l'analyse par PCR et séquençage de différents fragments de gènes de Pc, ont permis de démontrer l'existence de spécificité d'hôtes et l'hétérogénéité génétique, cruciale pour l'étude de l'épidémiologie de la PPC. Elles ont permis de démontrer la possibilité de contamination de novo, de co-infection par différentes souches, et de détecter l'ADN de Pc dans l'environnement. Le typage apparaît indispensable à réaliser pour les cas groupés de PPC avant de conclure à une éventuelle infection nosocomiale ou transmission inter-humaine. Il a également montré son intérêt pour la recherche de marqueurs de résistance aux traitements tel que les mutations sur le gène de la dihydroptéroate synthétase.

Ces techniques permettront, conjointement à l'utilisation de cultures in vitro récemment décrites, de préciser de nombreux aspects épidémiologiques tels que l'infectiosité des souches détectées et leur circulation dans la nature, ainsi que de décrire le cycle évolutif de ce champignon atypique.

Pneumocystis carinii (Pc) is an eukaryotic ubiquitous micro-orgaminsm which cause fatal pneumonia in immunocompromised individuals especially in AIDS patients. Despite major improvements in diagnosis and therapy, epidemiological data are fragmentary. The mode of transmission is poorly understood, in large part due to a lack of a continuous in vitro culture system for its isolation, but contamination probably occurs through inhalation of unknown forms present in air.

Molecular techniques, such as DNA amplification and sequence analysis of Pc genes, have played an important role in demonstrating a large degree of specificity and heterogeneity among the different Pc organisms and in studying Pneumocystis carinii pneumonia (PCP) epidemiology.

The genes analysis allowed to show that recurrence may be due to de novo infection rather than reactivation of organisms not eliminated by treatment during the first episode, the existence of coinfection with two different strains of Pc and to detect Pc DNA in ambient air. Studies of suspected person-to-person transmission, typing different DNA regions, most of the time rule out transmission within couple or hospitalized patients and therefore suggest that the most probable mode of transmission is environmental. Typing gene methods have also permit studies on drug-resistant markers such as mutation on dihydroptéroate synthethase gene of Pc.

Pc typing may be simultaneously use with in vitro cultivation to improve our knowledge on PCP epidemiology such as environmental reservoirs, life cycle of this atypic fungus.