L'implantation de la biologie moléculaire dans les laboratoires de bactériologie médicale est limitée par l'efficacité, la simplicité et le faible coût des tests phénotypiques. La réaction d'amplification en chaîne (PCR) et l'amplification transcriptionnelle (TMA) sont utilisées en routine pour le diagnostic direct de Mycobacterium tuberculosis, de Chlamydia trachomatis et de Neisseria gonorrhoeae. Les sondes d'hybridation permettent l'identification de bactéries en culture. Les puces à ADN sont des outils prometteurs mais à moyenne échéance. Un nombre croissant de laboratoires utilisent la PCR universelle ARNr 16S à des fins d'identification bactérienne.

The use of molecular biology in the clinical laboratories is limited by the efficiency and by the cost-effectiveness of the phenotypic methods. PCR and TMA are routine tests for the direct detection of Mycobacterium tuberculosis, Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae. Hybridization probes are used for the identification of bacterial cultures. DNA chips are promising techniques in middle term future. Universal PCR is used by an increasing number of laboratories for bacterial identification.