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Multilocus haplotype analyses reveal association between 5 novel IL-15 polymorphisms and asthma - 24/08/11

Doi : 10.1016/j.jaci.2004.03.004 
Thorsten Kurz, PhD a, Konstantin Strauch, PhD b, Henriette Dietrich a, Sandra Braun a, Steffen Hierl a, Silvija-Pera Jerkic, MD a, Thomas F. Wienker, MD b, Klaus A. Deichmann, MD a, Andrea Heinzmann, MD a,
From aUniversity Children's Hospital, University of Freiburg; and the bInstitute for Medical Biometry, Informatics, and Epidemiology, University of Bonn Germany 

Reprint requests: Andrea Heinzmann, MD, University Children's Hospital, University of Freiburg, Mathildenstr 1, 79106 Freiburg, Germany

Freiburg and Bonn, Germany

Abstract

Background

IL-15 is a TH1-related cytokine that is involved in the inflammatory response in various infectious and autoimmune diseases. IL-15 has recently been shown to be upregulated in T-cell–mediated inflammatory disorders. The observations suggest a potential role for this cytokine in a variety of pathologic conditions, including TH1-mediated and TH2-mediated inflammatory diseases.

Objective

In this study, we searched for single nucleotide polymorphisms in the whole IL-15 gene and investigated their association with inflammatory and/or atopic phenotypes.

Methods

The screening for single nucleotide polymorphisms was performed by single-strand conformation polymorphism analysis. Genotyping of the identified polymorphisms was performed by restriction fragment length polymorphism. Genotypic association analysis used the Armitage trend test. Haplotype frequency estimation and subsequent testing for differences between cases and controls were performed by using the programs FASTEHPLUS and FAMHAP.

Results

We identified 5 novel noncoding nucleotide sequence variants, all of which were typed in our asthmatic, our atopic, and our control population. According to the Armitage trend test, none of the 5 polymorphisms is associated with the phenotype bronchial asthma or atopy. However, multilocus haplotype analysis based on simulations to find out whether the haplotype frequencies differed between cases and controls by using the program FAMHAP yielded a P value of 6.1 × 10−5 in the asthmatic versus the control population, which is highly significant. Furthermore, we obtained a nominally significant result of P=.0232 for the atopic versus the control population by using FAMHAP.

Conclusion

These results strongly underscore previous findings that suggest a potential role of this cytokine in allergic diseases.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Keywords : Atopy, asthma, association, haplotype analysis, case-control analysis, inflammation, TH1/TH2

Abbreviations : EM, HWE, SNP


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Vol 113 - N° 5

P. 896-901 - mai 2004 Retour au numéro
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  • Characterization of two polymorphisms in the leukotriene C4 synthase gene in an Australian population of subjects with mild, moderate, and severe asthma
  • Mary-Anne Kedda, Jing Shi, David Duffy, Stephanie Phelps, Ian Yang, Kirrily O'Hara, Kwun Fong, Philip J. Thompson
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