2SP : milieu saccharose-phosphate
AAF : aéro-anaérobie facultatif
ACA : acrodermatite chronique atrophiante
ADN : acide désoxyribonucléique
ADH : arginine dihydrolase
ADR : arrêté du 25 avril 2000 modifiant l’arrêté du 5 décembre 1996 modifié
AES : accident d’exposition au sang
AET : aspiration endotrachéale
Afnor : Agence française de normalisation
Afssa : Agence française pour la sécurité sanitaire des aliments
Afssaps : Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé
AFU : Association française d’urologie
ALLO : anticorps antilistériolysine O
ALOA : Agar listeria Ottaviani Agosti®
AMM : autorisation de mise sur le marché
Anaes : Agence nationale d’accréditation et d’évaluation en santé
ANC : acide nalidixique-colistine
APGAR : moyen chiffré rapide pour évaluer l’état des grandes fonctions vitales à 1 minute de vie dû à Virginia Apgar
ARN : acide ribonucléique
ARNm : acide ribonucléique messager
ARNr : acide ribonucléique ribosomal
ARNt : acide ribonucléique de transfert
ARS : Agence régionale de santé
ASD : antistreptodornases
ASK : antistreptokinase
ASLO : antistreptolysines O
ATP : adénosine triphosphate
ATS : American Thoracic Society
BAAR : bacille acido-alcoolo-résistant
BCG : bacille de Calmette et Guérin
BCM : bacillus cereus medium
BCP : bromocrésol pourpre
BCSA : British Columbia Safety Authority
BCYE : buffered charcoal yeast extract
BET : bromure d’éthidium
BG : milieu solide de Bordet-Gengou
BHI : brain heart infusion (milieu coeurcerveau)
BIBI : Bioinformatics Bacterial Identification
BK : bacille de Koch
BLAST : basic local alignement search tool
BLSE : β-lactamase à spectre étendu
BMC : bacterial medium chromogenic
BMR : bactérie multirésistante
BNAG : n-acétyl-β-glucosaminidase
BPCO : bronchopneumopathie chronique obstructive
BPPH : Bonnes pratiques de pharmacie hospitalière
BSK : milieu Barbour-Stoenner-Kelly
BVHRI : bactéries vaginales à haut risque infectieux
BW : réaction de Bordet-Wassermann
CagA : îlot de pathogénicité Cag
CAMP-test : test de Christie, Atkins, Munch-Petersen
CAP : colistine et aztréonam
CARDS : community acquired respiratory distress syndrome
CA-SFM : Comité de l’antibiogramme de la Société française de microbiologie
CAT : milieu campylobacter
CDC : Center for Diseases Control
CE : corps élémentaire
CE : marquage de la Communauté européenne
CFTR : cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
CGG : Commission de génie génétique
CHV : correspondant d’hémovigilance
Ciddist : Centre d’information, de dépistage et de diagnostic des infections sexuellement transmissibles
CIE : contre-immunoélectrophorèse
CIL : comparaison interlaboratoire
CIN : cefsulodine-irgasan-novobiocine
CIP : collection de l’Institut Pasteur
CIQ : contrôle interne de qualité
CIRE : Cellule inter-régionale d’épidémiologie
CLED : cystine-lactose-électrolyte déficient
CLHP : chromatographie liquide à haute performance
CLIN : Comité de lutte contre les infections nosocomiales
CLSI : Clinical Laboratory Standard Institute
CMB : concentration minimale bactéricide
CMI : concentration minimale inhibitrice
CMV : cytomégalovirus
CNA : colistine et acide nalidixique
CNR : Centre national de référence
Cofrac : Comité français d’accréditation
Cp : crossing point
CP : concentrés plaquettaires
CPM : concentration de prévention des mutants résistants
CPS : carte professionnelle santé
CR : corps réticulé
CRG : concentrés de globules rouges
CRH : coordinateur régional d’hémovigilance
CRISPR : clustered regularly interspaced short palindromic repeats
CRP : C-reactive protein (protéine C-réactive)
CSH : cellules souches hématopoïétiques
CSHPF : Conseil supérieur d’hygiène publique de France
Ct : threshold cycle
CT : toxine cholérique
CTA : cystine-tryptic agar
CTX-M : céfotaximase-Munich
DAEC : diffusely-adhering E. coli
DAPI : 4’6-diamino-2-phénylindole
DASRI : déchets d’activité de soins à risque infectieux
dATP-⍺ S : nucléotides alpha-thio-dATP
DDASS : Direction départementale des affaires sanitaires et sociales
ddGTP : didésoxyribonucléotide à guanine
ddNTP : didésoxyribonucléotides
DEIA : detection immunoenzymatic assay
DGS : Direction générale de la santé
DMM : dose minimale mortelle
DMSO : diméthyl sulfoxide
dNDP : désoxydinucléotide phosphate
dNMP : désoxymononucléotide phosphate
dNTP : désoxyribonucléotides triphosphates
DOP : dioctylphtalate
DRASS : Direction régionale des affaires sanitaires et sociales
DRIRE : Direction régionale de l’industrie de la recherche et de l’environnement
dTTP : désoxythymidine triphosphate
DUJ : dose unique journalière
dUTP : désoxy-uridine triphosphate
EAT : épreuve de l’antigène tamponné (test au rose Bengale)
EBLSE : entérobactérie β-lactamase à spectre élargi (ou étendu)
EBV : virus d’Epstein-Barr
ECA : Enterobacteriaceae common antigen
ECAD : E. coli à adhésion diffuse
ECBC : examen cytobactériologique des crachats
ECBU : examen cytobactériologique des urines
ECEAg ou EAggEC : E. coli entéroagrégatifs (enteroaggregative E. coli)
ECEH ou EHEC : E. coli entérohémorragiques
ECEI ou EIEC : E. coli entéro-invasifs
ECEP ou EPEC : E. coli entéropathogènes
ECET ou ETEC : E. coli entérotoxinogènes
ECP : effet cytopathogène
EDIN : epidermal cell differentiation inhibitor
EDTA : acide éthylène diamine tétracétique
EEQ : évaluation externe de qualité
EI : endocardite infectieuse
EI : étalon interne
EIA : enzymo-immunoassay
ELISA : enzyme linked immunosorbent assay
EM : érythème migrant
EMIT : enzyme multiplied immunotechnique
EMJH : milieu de Ellinghausen-MacCullough modifié par Johnson et Harris
EOH : équipe opérationnelle d’hygiène
EPA : effet postantibiotique
EPI : équipements de protection individuelle
ERG : entérocoque résistant aux glycopeptides
ERV : entérocoque résistant à la vancomycine
ESBL : extended-spectrum β-lactamase
EUCALB : European Concerted Action on Lyme Borreliosis (Action concertée européenne sur la Borréliose de Lyme)
EUCAST : European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing
EWGLI : European Working Group for Legionella Infection
FBC : fractional bactericidal concentration
FFP : filtering facepiece particles
FIA : fluoro-immunoassay
FIC : fractional inhibitory concentration
FPIA : fluorescence polarization immunoassay
FRET : fluorescence resonance energy transfer
FTA : fluorescent treponemal antibody test
FTA-abs : fluorescent treponemal antibody absorbed
GAS : Group A Streptococcus
GB : globules blancs
GBEA : Guide de bonne exécution des analyses
GDH : glutamate déshydrogénase
GDV : genomic detection of virus
GEFH : Groupe d’études français des Hélicobacters
GGT : gamma-glutamyl transférase (γGT)
GISA : glycopeptide-intermediate Staphylococcus aureus (Staphylococcus aureus de sensibilité intermédiaire aux glycopeptides)
GLU : glucose
GNA : glomérulonéphrite aiguë
GPAC : cocci à Gram positif
GR : globules rouges
GRSA : glycopeptide-resistant Staphylococcus aureus (Staphylococcus aureus résistant aux glycopeptides)
GTA : guide technique d’accréditation
GVPC : BCYE supplémenté en vancomycine, glycine et colistine
HACEK ou : regroupe six espèces
HACCEK : de bactéries Gram négatif : Haemophilus aphrophilus/paraphrophilus, Actinobacillus actinomycetemcomitans, Capnocytophaga spp., Cardiobacterium hominis, Eikenella corrodens et Kingela
HAS : Haute autorité de santé
HEG : hexéthylène glycol
HEGP : hôpital européen Georges Pompidou
HEK : gélose Hektoen
HEPA : high efficiency particulate air
HGA : human granulocytic anaplasmosis
hGISA : heterogeneous glycopeptideintermediate Staphylococcus aureus (Staphylococcus aureus de résistance hétérogène aux glycopeptides)
HME : human monocytosis Erhlichiosis
HPST : loi Hôpital, patients, santé et territoires
HSV-1, HSV-2 : virus Herpes simplex de type 1 ou 2
HTM : haemophilus test medium
I : inosine
IC : immunochromatographie
IC : intervalle de confiance
ICSP : International Committee on Systematics of Prokaryotes
IDR : intradermoréaction
IF : immunofluorescence
IFD : immunofluorescence directe
IFI : immunofluorescence indirecte
IFLA : immunoluminometric assay
IFMA : immunofluorometric assay
IG : immunoglobuline
IGRA : interferon γ release assay
IL : interleukine
IM : intramusculaire
INF : interféron
INRS : Institut national de recherche et de sécurité
InVS : Institut national de veille sanitaire
IPP : identifiant permanent du patient
IPP : inhibiteur de la pompe à protons
IRMA : immunoradiometric assay
IST : infection sexuellement transmissible
ITCB : incident transfusionnel par contamination bactérienne
ITL : infection tuberculeuse latente
ITS : infection transmise sexuellement
ITU : infection du tractus urinaire
IV : intraveineux
i.v. : iso-valérique
JK : Corynebacterium jeikeium
KCN : cyanure de potassium
KPC : Klebsiella pneumoniae carbapénémase
LAC : lactose
LBA : liquide bronchoalvéolaire
LBM : laboratoire de biologie médicale
LCR : ligase chain reaction
LCR : liquide céphalorachidien
LDC : lysine décarboxylase
LGV : lymphogranulome vénérien ; lymphogranulomatose vénérienne ; lymphogranuloma venereum
LIA : lumino-immunoassay
LiPA : line probe assay
LLAP : legionella-like-amoebal pathogens
LNE : Laboratoire national d’essai
LPS : lipopolysaccharide
LPSN : List of Prokaryotic Names with Standing in Nomenclature
LT : entérotoxine thermolabile
MAC : mycobactéries du complexe aviaire
MAI : maladie auto-immune
MALDI-TOF : matrix-assisted laser desorption/ ionisation-time-of-flight
MALT : mucosa associated lymphoid tissue
MAP : menace d’accouchement prématuré
MAT : microscopic agglutination test (test d’agglutination microscopique)
mCCD : modified cefoperazone charcoal deoxycholate (milieu campylobacter-charbon)
MCLO : mycobacterium chelonae likeorganism
MDO : maladies à déclaration obligatoire
MEVAG : milieu de Hugh et Leifson
MEYP : milieu mannitol-egg yolkpolymyxin B agar
MGG : coloration de May-Grünwald-Giemsa
MGIT : mycobacteria growth indicator tube
MH : gélose de Mueller-Hinton
MIF : micro-immunofluorescence
MIRU-VNTR : mycobacterial interspersed repetitive units – variable number of tandem repeats
MLEE : multilocus enzyme electropherotype
MLSK : macrolides-lincosamidesstreptogramines-kétolides
MLST : multilocus sequence typing
MNT : mycobactérie non tuberculeuse
MOMP : major outer membrane protein (protéine majeure de membrane externe)
MRS : milieu de Man, Rogosa et Sharpe
MSCRAMMS : microbial surface component reacting with adhesive matrix molecules
MST : multispacer sequence typing
MST : maladie sexuellement transmissible
MVLA : multilocus variable number of tandem repeats analysis
NAD : nicotinamide adénine dinucléotide ou coenzyme I
NASBA : nucleic acid sequence based amplification
NBT : nitro blue de tétrazolium
NCBI : National Center for Biotechnology Information
OADC : acide oléique, albumine, dextrose, catalase
ODC : ornithine décarboxylase
OFPBL : oxidative-fermentative-polymyxin B-bacitracin-lactose agar
OGM : organisme génétiquement modifié
OLA : oligonucleotide ligation array
OM : outer membrane (protéine de surface)
OMA : otite moyenne aiguë
OMS : Organisation mondiale de la santé
ONERBA : Observatoire national de l’épidémiologie de la résistance bactérienne aux antibiotiques
ONPG : ortho-nitro-phényl-galactopyranoside
PaGIA : particle gel immunoassay
PAS : periodic acid schiff
pb : paire de bases
PBS : phosphate buffer saline (tampon phosphate)
PCR : polymerase chain reaction
PCT : procalcitonine plasmatique
PEG : polyéthylène glycol
PEMBA : milieu polymyxin B-egg yolkmannitol- bromothymol blue agar
PFGE : pulsed field gel electrophoresis
PG : peptidoglycane
PHA : passive hemagglutination (hémagglutination passive)
PK/PD : pharmacokinetics/pharmacodynamics
PL : ponction lombaire
PLET : polymyxine, lysozyme, EDTA, acétate de thallium
PLP : protéines de liaison à la pénicilline
PMA : procréation médicalement assistée
PNPG : para-nitro-phényl-galactopyranoside
POMP : polymorphic outer membrane protein
PRA : PCR-restriction enzymatic analysis
PRP : polyribosil ribitol phosphate
PSL : produits sanguins labiles
PSM : poste de sécurité microbiologique
PSP : ponction vésicale sus-pubienne
PT : purpura thrombopénique
PTI : purpura thrombopénique infectieux
PTT : purpura thrombotique thrombopénique
PUI : pharmacie à usage intérieur
PYR : test de l’hydrolyse du pyroglutamate ; L-pyrrolidonyl-β-naphtylamide
PYRA : pyrrolidonyl arylamidase
R : rough
RAA : rhumatisme articulaire aigu
RAPD : random amplified polymorphic DNA
RAQ : responsable assurance qualité
RENACHLA : Réseau national des Chlamydiae
RENAGO : Réseau national des gonocoques
RFLP : restriction fragment length polymorphism (restriction enzymatique)
RIA : radio-immunoassay
RIA : radio-immunologique
RIB : ribose
RIC : Clostridium ramosum, innocuum, clostridioforme
RLU : relative light unit
RM : réaction rouge de méthyle
RPM : rupture prématurée des membranes
RPR : rapid plasma reagin
RR : risque relatif
S : smooth
SA : semaine d’aménorrhée
SARM : Staphylococcus aureus résistant à la méticilline
SAW : séroagglutination de Wright
SBA : sheep-blood-agar (gélose de base Columbia additionnée de sang de mouton)
SCN : staphylocoques à coagulase négative
SDA : Strand Displacement Amplification®
SDS : sodium-dodécyl-sulfate
SFHH : Société française d’hygiène hospitalière
SFM : Société française de microbiologie
SG : sérum Sven Gard
SGA : streptocoque β-hémolytique du groupe A
SGL : système de gestion de laboratoire
SHA : solution hydroalcoolique
SHU : syndrome hémolytique et urémique
SHV : sulfhydryl variable
SIL : système informatique de laboratoire
SIR : Sensibilité-Intermédiaire-Résistance Scan®
SMAC : sorbitol MacConkey agar (milieu de MacConkey au sorbitol)
SMID : salmonella medium identificationdetection
SMQ : système de management de la qualité
SNP : single nucleotides polymorphism
SPHA : solid phase hemadsorption assay
SPILF : Société de pathologie infectieuse de langue française
SPS : sodium polyanethol sulfonate (polyanéthol sulfonate de sodium)
SRIS : syndrome de réponse inflammatoire systémique
SS : Salmonella Shigella
SSTT : système de sécrétion type III
ST : entérotoxine thermostable
ST : séquence type
STB : streptocoque du groupe B
STEC : Escherichia coli entérohémorragique
TAAN : test d’amplification de l’acide nucléique
TCBS : thiosulfate-citrate-bile-saccharose
TCCA : taurocholate, cyclosérine, céfoxitine agar
TDA : tryptophane désaminase
TDR : tests de diagnostic rapide
TEM : Temoneira (nom de patient)
TGV : transport de germes vivants
TIAC : toxi-infection alimentaire collective
Tm : melting temperature
TMD : transport des marchandises dangereuses
TNF : tumour necrosis factor
TP : temps de prothrombine
TPHA : treponema pallidum haemagglutination assay
TPI : treponema pallidum immobilization test (test d’immobilisation des tréponèmes)
TPPA : treponema pallidum particle agglutination assay
TS : gélose trypticase soja
TSH : tryptone-soja-horse blood (gélose TS additionnée de sang de cheval)
TSI : Triple-Sugar-Iron
TSST : toxic shock syndrome toxin
TTG : taurocholate-tellurite-gélatine
TWAR : Taiwan acute respiratory disease
UCC : unité de changement de couleur
UFC : unité formant une colonie
UFS : unité formant un spot
UI : unité internationale
UNG : urétrite non gonococcique
UTI : urinary tract infection
UV : ultraviolet
VacA : cytotoxine vacuolisante
VCAT : vancomycine, colistine,amphothéricine B, triméthoprime
VCF : vancomycine, colistine, fungizone
VCN : vancomycine, colistine, nystatine
VCNT : vancomycine, colistine, nystatine, triméthoprime
VDRL : Veneral Disease Research Laboratory
VF : gélose viande-foie
VHB : virus de l’hépatite B
VHC : virus de l’hépatite C
VIH : virus de l’immunodéficience humaine
VISA : vancomycin-intermediate Staphylococcus aureus (Staphylococcus aureus de sensibilité intermédiaire à la vancomycine)
VP : réaction de Voges-Proskauer
VPN : valeurs prédictives négatives
VPP : valeurs prédictives positives
VRSA : vancomycin-resistant Staphylococcus aureus (Staphylococcus aureus résistant à la vancomycine)
VS : vitesse de sédimentation
VZV : virus de la varicelle et du zona
WB : Western-blot ou immunotransfert