Les aliments d'origine végétale comme animale sont une source importante d'allergènes et de maladies allergiques. Il est donc nécessaire d'envisager le risque potentiel d'allergénicité des aliments transgéniques. Les problèmes théoriques sont le risque d'allergénicité croisée d'une protéine transgénique avec des allergènes existants, le risque de modification d'allergénicité de cette protéine par modification de son métabolisme dans la plante transgénique, le risque de modification d'allergénicité des protéines propres de la plante transgénique, le risque de néo-allergénicité de la protéine transgénique, enfin la possibilité pour une protéine transgénique d'être sensibilisante par dissémination aérienne, avec une conséquence potentielle d'induire une allergie alimentaire. Les méthodes d'évaluation de ces risques, proposées en 2001 par le Comité d'Experts FAO/OMS se disposent selon un algorithme en trois étapes : recherche d'homologie significative de la séquence de la protéine transgénique avec des allergènes connus de la même plante dont est issu le gène, ou de même groupe botanique, et recherche de séquence de six acides aminés identique aux épitopes connus, puis recherche de liaison aux sérums de sujets allergiques à cette plante ou aux allergènes de même groupe, enfin étude de la dégradation de la protéine par digestion in vitro . Le recours à des modèles animaux pour la recherche d'une néo antigénicité n'est pas encore formalisé. Une surveillance post-commercialisation est recommandée. Celle-ci présuppose une structure adéquate, des moyens d'action, le ciblage de groupes à risque dont la surveillance sera prioritaire. Le risque allergique doit être mis en balance avec les risques actuels des modifications d'allergénicité des aliments, induites par les technologies actuelles d'une part, et d'autre part avec les bénéfices attendus de cette biotechnologie pour l'élaboration de variétés hypoallergéniques qui permettront l'institution d'immunothérapies spécifiques et de réactogénicité atténuée.

A significant number of allergens arise from foods. The allergic risk of transgenic foods must be evaluated in accordance with the recommendations of the Joint Expert Committee FAO/WHO. Potential issues are the risk of cross reactivity with existing allergens, the modification of allergenicity of the transgenic protein induced by a modified metabolism in the host, the modified allergenicity of the proteins of the transgenic plant, a potential neo-allergenicity of the transgenic protein, and the risk of dissemination through pollens, inducing a respiratory sensitization then a cross food allergy. The algorithm includes three steps for evaluation: first the search for significant homology of the protein with allergens listed in allergen databanks, or the identity of a sequence of six aminoacids with known epitopes, then a cross reactivity explored through the binding to IgEs from patients allergic to the source of the gene, or allergic to organisms of the same group or botanical family, and finally the extent of the pepsine resistance. The risk of immunogenicity has to be studied with appropriate animal models. A post-marketing surveillance is recommended for monitoring of adverse effects. The structure of an Allergo-Vigilance Network, the tools for efficiency and the groups at higher risk will be discussed. The potential risk of transgenic foods to be allergenic cannot be overlooked, not ignoring the fact that current technologies modify allergenicity of foods.