La spectrométrie de masse matrix-assisted laser desorption and ionization time-of-flight (MALDI-TOF), a maintenant supplanté les méthodes traditionnelles d’identification des bactéries dans les laboratoires de biologie médicale. En mycologie médicale, l’expertise du mycologue à la paillasse semble plus difficile à remettre en cause, en particulier pour les moisissures et les dermatophytes. À Marseille cependant, la spectrométrie de masse MALDI-TOF est maintenant à la base de notre processus d’identification de l’ensemble des colonies fongiques, moisissures, levures et dermatophytes inclus. Un recul de trois années et plus de 20,000 identifications nous permettent de faire le point.

Le premier impact de cette approche porte sur la diversité des espèces rendues actuellement. Sur une année, nous identifions plus d’une centaine d’espèces filamenteuses et plus d’une quarantaine de levures là où nous n’étions capables d’identifier que quelques dizaines d’espèces. Cependant, cela pose un problème d’interprétation et nous passons plus de temps à rechercher des informations dans la littérature médicale pour les communiquer aux cliniciens.

Pour le clinicien et donc pour le patient, un temps considérable, synonyme de meilleur pronostic, a été gagné dans la procédure diagnostique. L’identification est réalisée sur des colonies plus jeunes, voire directement sur les hémocultures, elle est plus fiable et plus rapide. Nous nous organisons maintenant pour la communiquer plus vite.

Des développements sont en cours pour repérer des spectres anormalement ressemblants, évocateurs d’un processus épidémique en cours ou pour détecter simultanément plusieurs pathogènes. Cependant, le progrès le plus considérable viendra de la mise à disposition en ligne d’un service expert d’identification des spectres couplé à d’autres fonctionnalités à visées diagnostique ou épidémiologiques. Ce système est en cours d’élaboration par l’Assistance publique–Hôpitaux de Marseille en association avec la Belgian Coordinated Collections of Microorganisms.

Les changements qui se profilent sont donc considérables pour le biologiste dont l’expertise à la paillasse devra être associée à une connaissance du rôle pathogène de nouvelles espèces émergentes. Confronté à la diversité des espèces diagnostiquées, il devra développer un savoir-faire dans la collecte d’informations pertinentes sur Internet et les interpréter sur la base de la connaissance du contexte clinique propre à son patient.