L’utilisation croissante des antifongiques dans la prévention et le traitement des candidoses invasives a conduit à l’émergence d’isolats multirésistants. Cette étude a pour objectif d’appliquer une technologie de séquençage nouvelle génération (NGS) à la détection de mutations associées à la résistance aux antifongiques au sein d’isolats cliniques.

Six gènes impliqués dans la résistance aux antifongiques chez Candida albicans, C. glabrata et C. parapsilosis (ERG11, ERG3, TAC1, CgPDR1, FKS1 et FKS2) ont été partiellement ou intégralement séquencés par une plateforme GS Junior^® (Roche Diagnostics). La technique a été validée sur 3 souches de référence et 7 souches possédant des mutations connues. Puis 9 souches cliniques résistantes aux échinocandines ou aux azolés ont été analysées. Enfin, 23 isolats séquentiels prélevés chez 10 patients traités ou non par antifongiques ont été séquencés.

Six mutations déjà impliquées dans la résistance aux antifongiques ainsi que 6 mutations inédites ont été détectées. Parmi ces dernières, quatre ont été mises en évidence au sein d’isolats de C. glabrata possédant des phénotypes de résistance modifiés : leur implication dans la susceptibilité aux antifongiques est donc probable. De plus, le NGS a permis de détecter conjointement des mutations d’un gène impliqué dans la résistance aux azolés (CgPDR1) et d’un gène impliqué dans la résistance aux échinocandines (FKS2). Ces combinaisons ont été retrouvées dans 2 souches de C. glabrata : l’une est résistante aux échinocandines et hypersensible aux azolés, l’autre est résistante aux échinocandines et aux azolés.

Une mutation des gènes FKS1 ou FKS2 a été mise en évidence pour chaque isolat résistant aux échinocandines étudié. En revanche, les mécanismes à l’origine de la résistance aux azolés des isolats étudiés n’ont pas été élucidés, probablement du fait d’un séquençage non exhaustif des gènes impliqués dans la résistance à ces antifongiques. Ces résultats, ainsi que la détection conjointe de mutations dans des gènes impliqués dans la résistance aux antifongiques azolés et aux échinocandines, confirment l’intérêt d’une approche élargie, permettant l’analyse simultanée de plusieurs gènes, pour l’étude des mécanismes à l’origine de la résistance aux antifongiques.