Les colites microscopiques (CM), collagène (CC) et lymphocytaire (CL), représentent une entité pathologique à l'origine de diarrhée chronique sécrétoire avec côlon endoscopiquement normal. Le diagnostic est histologique et est obtenu par l'examen de biopsies coliques étagées. La CC est définie par un épaississement collagène de la membrane basale épithéliale supérieur à 10 μm et la CL par l'augmentation du taux de lymphocytes intra-épithéliaux (LIE) supérieur à 20 pour 100 cellules épithéliales. Une troisième entité a été récemment définie chez les patients symptomatiques, la colite microscopique incomplète (CMi) caractérisée, soit par un épaississement collagène de la membrane basale épithéliale insuffisant pour porter le diagnostic de CC, soit par une augmentation du nombre de LIE insuffisante pour porter le diagnostic de CL. L'incidence annuelle des CM est en augmentation régulière et la prévalence des CM varie de 10 à 14 % chez des malades avec diarrhée de plus de trois semaines et côlon endoscopiquement normal. Le tableau clinique des CM est très proche de celui du syndrome de l'intestin irritable avec diarrhée. Une cause médicamenteuse et un terrain dysimmunitaire sont les principaux facteurs associés aux CM, une association privilégiée avec la maladie cœliaque étant notée. Bien que de rares complications puissent survenir au cours de leur évolution, les CM sont des pathologies bénignes dont l'évolution vers la rémission est possible. Sur le plan thérapeutique, il est nécessaire en premier lieu d'éliminer une cause médicamenteuse, l'arrêt du médicament permettant une guérison de la colite, et une éventuelle maladie cœliaque associée. Dans les autres cas, le budésonide est le traitement de choix pour les formes plus sévères résistantes aux traitements symptomatiques usuels.