La présence dans l'intestin grêle d'un nombre anormalement élevé de certaines bactéries peut s'associer à des symptômes digestifs et peut-être extradigestifs, situation dénommée colonisation bactérienne chronique du grêle (ou Small Intestinal Bacterial Overgrowth [SIBO] en anglais). Bien décrite chez de rares malades avec stase intestinale (notamment du fait de montages chirurgicaux ou de troubles moteurs sévères de l'intestin), cette situation pourrait aussi expliquer une partie des symptômes de l'intestin irritable ou de « cerveau embué » et ceci fait débat parmi les spécialistes. Le diagnostic de cette dysbiose est difficile à prouver car les tests directs sur des prélèvements de liquide intestinal sont difficiles et les tests indirects (notamment tests respiratoires au glucose et au lactulose) imparfaits dans leur sensibilité et spécificité. Quand la cause n'est pas curable, les antibiotiques sont quasiment les seuls traitements validés mais avec un faible niveau de preuve. Dans les cas difficiles, l'avis d'un spécialiste est utile plutôt que de prescrire des traitements écologiques probabilistes au long cours.