L'assimilation digestive représente la somme de la digestion et de l'absorption. Son exploration se fonde donc sur des tests de ces deux fonctions. Le test d'absorption de référence est celui du D-xylose, pentose absorbé par l'intestin grêle proximal. En cas de malabsorption, sa cinétique plasmatique est ralentie et sa concentration est diminuée ; cependant, des effets similaires sont obtenus lors de retards de vidange de l'estomac et de prolifération bactérienne dans l'intestin grêle. Les concentrations plasmatiques de la vitamine B₁₂ et des folates, respectivement absorbés par l'intestin grêle et distal proximal, sont des marqueurs d'absorption. L'exploration des maldigestions repose principalement sur la mise en évidence d'une insuffisance exocrine du pancréas qui peut être établie par la diminution de la concentration plasmatique du trypsinogène (trypsin like immunoreactivity [TLI]).