Le complexe majeur d'histocompatibilité de l'homme occupe une région de 4 à 5 mégabases sur le bras court du chromosome 6, la plus étudiée du génome humain. Cette région fut initialement découverte en raison de son influence dans le rejet de greffe et les réponses immunes à certains antigènes. Les gènes les plus importants impliqués dans ces fonctions codent des molécules dites human leukocyte antigens (HLA) qui sont extrêmement polymorphes dans les populations humaines. Le typage HLA de cette diversité structurale est largement utilisé en médecine pour la sélection des donneurs et receveurs de transplantation d'organes ou de greffe de cellules souches hématopoïétiques et dans l'évaluation du risque vis-à-vis de certaines maladies telles que la spondylarthrite ankylosante, les maladies auto-immunes, la narcolepsie, la maladie coeliaque... Les molécules HLA sont reconnues par différents récepteurs impliqués dans les réponses immunes à médiation cellulaire mettant en jeu des lymphocytes T et/ou NK. En effet, les molécules HLA du soi présentent au système immunitaire des peptides antigéniques du soi ou étrangers dérivés de protéines intracellulaires ou extracellulaires endocytées. Dans les deux cas, c'est le complexe peptide-HLA qui représente l'élément reconnu par le récepteur à l'antigène des lymphocytes T. Cette reconnaissance spécifique est majeure pour la sélection thymique du répertoire lymphocytaire T et active la cytotoxicité des lymphocytes T, permettant ainsi d'éliminer les cellules infectées par un agent pathogène ou les cellules tumorales. Cependant, l'absence de reconnaissance des molécules HLA de classe I du soi active la cytotoxicité des cellules natural killer (NK), qui éliminent précocement les cellules infectées ou tumorales pour lesquelles l'expression des molécules HLA de classe I est souvent réduite. Ainsi, les molécules HLA sont engagées dans deux mécanismes cellulaires majeurs visant à la discrimination du soi et du non-soi au niveau des immunités cellulaires innée (cellules NK) et acquise (cellules T).