L'obstruction du site de filtration, le plus souvent par une fibrose sous-conjonctivale, explique l'hypertonie oculaire rebelle des glaucomes réfractaires après trabéculectomie. L'abaissement pressionnel fait appel à une chirurgie filtrante ou une cyclodestruction. Pour améliorer le pronostic fonctionnel de la chirurgie filtrante, il faut lutter contre le processus cicatriciel excessif de la conjonctive antérieure lié à une prolifération fibroblastique. Les antimétabolites (5-fluoro-uracile [5-FU] et mitomycine C) qui inhibent la prolifération fibroblastique sont utilisés lors des trabéculectomies ou des sclérostomies au laser, ces dernières ayant l'avantage théorique d'être moins traumatisantes pour la conjonctive. La pose d'implant de drainage permet quant à elle de dériver l'humeur aqueuse en arrière de l'équateur, là où les réactions cicatricielles sont moindres. En cas d'échec avéré ou prévisible des techniques précédentes, on a recours à la destruction du corps ciliaire. Le pronostic de la cyclodestruction est moins défavorable depuis l'avènement des lasers transscléraux qui traitent plus spécifiquement le corps ciliaire et entraînent moins de complications comparés à la cryothérapie. Le pronostic fonctionnel des glaucomes réfractaires a été amélioré grâce à ces différentes techniques qui ont prouvé leur efficacité à abaisser la tension oculaire mais elles sont grevées de complications parfois graves qui sont d'autant plus à redouter que le glaucome est plus évolué.

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