Le microbiote respiratoire « physiologique », d’origine intestinale et environnementale, varie qualitativement et quantitativement tout au long de l’arbre respiratoire. Certains facteurs, pouvant être liés à l’hôte ou d’origine exogène, peuvent entraîner des déséquilibres de ce microbiote appelés dysmicrobismes. Les infections respiratoires aiguës des voies aériennes supérieures et inférieures, pour partie favorisées par ces facteurs, pourraient succéder à des dysmicrobismes contribuant à l’émergence d’une bactérie pathogène opportuniste présente à l’état physiologique au sein du microbiote concerné. Au cours des pathologies respiratoires chroniques, notamment la mucoviscidose, des variations quantitatives mais surtout qualitatives du microbiote des voies aériennes inférieures ont été observées, notamment une diminution de la diversité en microorganismes. La contribution des nouvelles méthodes d’étude du microbiote respiratoire indépendantes de la culture permet aujourd’hui de considérer ces pathologies comme polymicrobiennes impliquant des communautés microbiennes pathologiques complexes et de les relier à des phénomènes de dysmicrobisme. De nouvelles approches thérapeutiques visant à rééquilibrer un microbiote respiratoire pathologique sont ainsi à l’étude. Une meilleure connaissance des microbiotes respiratoires physiologiques et pathologiques et les avancées faites pour expliquer son rôle permettront probablement de mieux comprendre les mécanismes physiopathologiques à l’origine des infections respiratoires et d’explorer de nouvelles stratégies thérapeutiques.

Healthy airway microbiota of intestinal and environmental origins changes qualitatively and quantitatively throughout the respiratory tract. Some factors related to the host or of exogenous origin, could generate an imbalance of the microbiota, called dysbiosis. Acute infections of upper and lower respiratory tract, facilitated by these factors, could be associated to dysbiosis contributing to the emergence of opportunistic pathogenic bacteria belonging to the microbiota. In chronic respiratory tract diseases, especially cystic fibrosis, quantitative but also qualitative changes of airway microbiota were observed including a reduction in the bacterial diversity. The contribution of novel culture-independent methods for studying airway microbiota allows today to consider these diseases as polymicrobial involving complex dysbiotic microbial communities. This allowed the development of novel therapeutic approaches aiming at reequilibriate a dysbiotic microbiota. Advances toward the description of airway microbiota in heath and diseases and the explanation of its role will allow a better understanding of the pathophysiological mechanisms underlying respiratory tract diseases and to explore new therapeutic strategies.